| Software
Tools at the CBRC |
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GeneDecoder
真核生物遺伝子領域予測システム
Gene Finding System for Eukaryotes, based on HMMs
[URL] http://www.genedecoder.org/ |
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SCARNA
高速RNA構造アラインメントシステム
Stem Candidate Aligner for RNA
[URL] http://www.scarna.org/ |
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ALN
ふたつの配列または配列グループ間のアラインメントプログラム
Pairwase alignment of biological sequences supporting spliced alignment procedures.
[URL] http://www.cbrc.jp/ALN/ |
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FORTE
プロファイル比較によるタンパク質立体構造予測
a profile-profile comparison tool for protein fold recognition
[URL] http://www.cbrc.jp/forte/ |
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POODLE
タンパク質ディスオーダー予測
Prediction of Order and disorder by machine learning
[URL] http://mbs.cbrc.jp/poodle/ |
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TMBETA-NET
膜貫通のβストランド領域予測プログラム
Prediction of Membrane Spanning b-Strand Segments in Outer Membrane Proteins
[URL] http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/ |
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WoLF PSORT
タンパク質細胞内局在予測システム
Protein Sub-cellular Localization System
[URL] http://wolfpsort.cbrc.jp/ |
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GRIFFIN
GPCR-Gタンパク質結合選択性予測システム
G-protein and receptor interaction feature finding instrument
[URL] http://griffin.cbrc.jp/ |
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Papia
並列タンパク質情報解析システム
Protein Information Analysis System
[URL] http://mbs.cbrc.jp/papia/ |
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PiKA2
タンパク質の2D-PAGEイメージ自動分析WEBシステム
Web based computing environment which deals with the complicated protein 2D-PAGE images
[URL] http://www.bio-image.org/pika2/ |
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CoCoozo
ペプチド・タンデム質量分析向け並列高速サーチエンジン
Parallel high-speed engine for peptide MS/MS ions search
[URL] http://www.cbrc.jp/cocoozo/ |
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SGCAL
糖鎖断片化解析ツール
Structural Glycomics Calculation
[URL] http://sgcal.cbrc.jp/ |
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DNAinsight
ゲノムDNAの2D-gelイメージ自動分析WEBシステム
Web based computing environment which deals with the image processing of the complicated 2-D gel electrophoretograms of genomic DNA
[URL] http://www.bio-image.org/DNAinsight/ |
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Cell Montage
類似遺伝子発現プロファイル検索による細胞機能解析システム
Cell function analysis system by gene expression profile matching
[URL] http://cellmontage.cbrc.jp/ |
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ASIAN
階層クラスタリングとグラフィカル・ガウシアン・モデリング（GGM）の組み合わせによるネットワーク推定ツール
Network inference tool by the combination of hierarchical clustering and graphical Gaussian modeling (GGM)
[URL] http://eureka.cbrc.jp/asian/ |
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ASTRA
選択的スプライシングおよび選択的転写開始パターン
Alternative Splicing and TRanscription Archives
[URL] http://alterna.cbrc.jp/ |
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SEVENS
7本膜貫通型受容体データベース
Comprehensive Collection of Human 7TM Receptors
[URL] http://sevens.cbrc.jp/ |
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GENIUS II
ゲノムに対する立体構造帰属データベース
Database System for Assigning Genome ORFs to 2D structures
[URL] http://genius.cbrc.jp/ |
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PDB-REPRDB
タンパク質立体構造データベース
Database of Representative Protein Chains from Protein Data Bank
[URL] http://mbs.cbrc.jp/pdbreprdb/ |
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DB-SPIRE
タンパク質機能構造データベース
Database for Structure-based Protein Interaction Research
[URL] http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/ |
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EzCatDB
酵素触媒機構データベース
A database of Enzyme Catalytic Mechanisms
[URL] http://mbs.cbrc.jp/EzCatDB/ |
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ARM
バクテリア代謝の電子化プロジェクト
Atomic Reconstruction of Metabolism
[URL] http://www.metabolome.jp/ |
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INOH
文献からのキュレーションに基づいたイベント指向型パスウェイデータベース
An Event-oriented pathway database
[URL] http://www.inoh.org/ |
