主に生体膜に関連するタンパク質を中心として、ゲノムワイドの視点から機能メカニズムの理解を目指した研究とその応用を行っている。これらは、細胞の生命活動に直結する機能をもち、細胞、各小器官の機能、進化を理解する上で重要であり、また創薬のターゲットとしても注目を集めている。私たちは膜系に特化したバイオインフォマテイクス技術を開発しながら、機能予測を目指している。そのため、タンパク質ファミリーの構造、機能分類、構造安定性の計算、細胞内局在性予測の研究、比較ゲノム解析、選択的スプライス産物の解析などに積極的に取り組んでいる上に、他のチームや外部の実験研究機関とも共同し、予測の実験的検証、データベース化等を行っている。最近、ヒトゲノム全体から創薬のターゲットとして最も重要なGタンパク質共役型受容体を同定し終え（SEVENS(http://sevens.cbrc.jp/1.20/)として公開している。

1). Yabuki, Y., Mukai. Y., Swindells, M.B.and Suwa, M.: GENIUS II: A database system for assigning coding regions in complete genomes to protein three-dimensional structures, Bioinformatics. 20, 596-598, (2004).

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5). Imanishi T, Itoh T, Suzuki Y, O'Donovan C, Fukuchi S, Koyanagi KO, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Yura K, Miyazaki S, Ikeo K, Homma K, Kasprzyk A, Nishikawa T, Hirakawa M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Ashurst J, Jia L, Nakao M, Thomas MA, Mulder N, Karavidopoulou Y, Jin L, Kim S, Yasuda T, Lenhard B, Eveno E, Suzuki Y, Yamasaki C, Takeda JI, Gough C, Hilton P, Fujii Y, Sakai H, Tanaka S, Amid C, Bellgard M, Bonaldo Md M, Bono H, Bromberg SK, Brookes AJ, Bruford E, Carninci P, Chelala C, Couillault C, Souza SJ, Debily MA, Devignes MD, Dubchak I, Endo T, Estreicher A, Eyras E, Fukami-Kobayashi K, R Gopinath G, Graudens E, Hahn Y, Han M, Han ZG, Hanada K, Hanaoka H, Harada E, Hashimoto K, Hinz U, Hirai M, Hishiki T, Hopkinson I, Imbeaud S, Inoko H, Kanapin A, Kaneko Y, Kasukawa T, Kelso J, Kersey P, Kikuno R, Kimura K, Korn B, Kuryshev V, Makalowska I, Makino T, Mano S, Mariage-Samson R, Mashima J, Matsuda H, Mewes HW, Minoshima S, Nagai K, Nagasaki H, Nagata N, Nigam R, Ogasawara O, Ohara O, Ohtsubo M, Okada N, Okido T, Oota S, Ota M, Ota T, Otsuki T, Piatier-Tonneau D, Poustka A, Ren SX, Saitou N, Sakai K, Sakamoto S, Sakate R, Schupp I, Servant F, Sherry S, Shiba R, Shimizu N, Shimoyama M, Simpson AJ, Soares B, Steward C, Suwa M, Suzuki M, Takahashi A, Tamiya G, Tanaka H, Taylor T, Terwilliger JD, Unneberg P, Veeramachaneni V, Watanabe S, Wilming L, Yasuda N, Yoo HS, Stodolsky M, Makalowski W, Go M, Nakai K, Takagi T, Kanehisa M, Sakaki Y, Quackenbush J, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Hide W, Chakraborty R, Nishikawa K, Sugawara H, Tateno Y, Chen Z, Oishi M, Tonellato P, Apweiler R, Okubo K, Wagner L, Wiemann S, Strausberg RL, Isogai T, Auffray C, Nomura N, Gojobori T, Sugano S. : Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones., PLoS Biol. 20 (2004)

6). M. Suwa, T. Sato, I. Okouchi, M. Arita, S. Matsumoto, S. Tsutsumi, H. Aburatani, K. Asai, Y. Akiyama.,｜SEVENS: The Comprehensive Collection of Seven Transmembrane Helix Receptors, hunted from Human genome. Nucreic　Acid　Research , 31, 1 Online summary paper (2003)
( http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/373?action=search;sect=all;term=Suwa )

7). M. Michael Gromiha and Makiko Suwa. Variation of Amino Acid Properties in ｜ All-beta Globular and Outer Membrane Protein Structures. Int. J. Biol. Macromol. (in press)

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13).「ヒトゲノム計画と知識情報処理」　第６章　（分子のジグソーパズルで遊ぶ）分担執筆　諏訪牧子、美宅成樹 (1995) 培風館

14). ニューバイオフィジックス『タンパク質の形と物性』　第１巻　第１章-4 （膜タンパク質の構造）分担執筆　諏訪牧子、広川貴次、美宅正成樹　(1997)、共立出版

15). 諏訪牧子「ホモロジー検索以外の遺伝子機能予測手法−物理化学的パラメータに基づく方法を中心として」実験医学（増刊）, Vol.19, No.11, pp.61(1351)-66(1356) (2001).

16). 諏訪牧子「第4章　塩基配列、アミノ酸配列からの機能予測（４．２モチーフ情報活用法）」,バイオインフォマテイクスの実際, (2002)、講談社サイエンテイフィク.