利用方法説明 - PDB-REPRDB

利用方法説明
PDB-REPRDB : PDB代表タンパク質チェインDB

メソッド :

PDB-REPRDBは、PDB(Protein Data Bank)によって提供されるタンパク質チェインを、原子座標データの品質が高い順に整列し、最上位のタンパク質チェインを代表として、この代表チェインとの比較において、

アミノ酸配列上の相同性
立体構造上の類似性（全体構造ではなく部分構造の類似性を考慮）

という２つの基準で類似するタンパク質チェインを、代表チェインと同じグループに分類し、残った類似性の低いチェインの中で品質が最上位のチェインを次の代表として選出するという手順を繰り返して生成される。
このようにして選出された、配列的にも、構造的にも、お互いに独立性の高い「代表チェインのリスト」と、「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」の２つのリストを提供する。
ドキュメントを参照されたい。

参考文献 :

T. Noguchi, K. Onizuka, Y. Akiyama, and M. Saito:
"PDB-REPRDB: A Database of Representative Protein Chains in PDB (Protein Data Bank)".
Proc. of the Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology,
AAAI press (1997).

使用方法 :

画面１：「分類対象チェインの選択・整列」

「条件の適用」を選択してください。
表の１列目の各項目はPDBのタンパク質チェインの原子座標の品質を決める要因です。
後の処理で分類対象とするチェインのデータセットを、これらの排除・整列パラメータを指定して作成します。
条件の適用で「No」を選択すると、その行の項目については、すべてのチェインが使用されます。「Yes」を選択すると、その後ろの条件の閾値でチェインを排除します。
項目の「MUTANTを含む」「COMPLEXを含む」「NMRを含む」は例外です。
- Mutant : 「Yes」を選択すると Mutant のチェインが使用されます。
- Complex : 「Yes」を選択すると Complex のチェインが使用されます。
- NMR : 「Yes」を選択すると NMR によるチェインが使用されます。
「条件」を入力してください。
- resolution : 閾値より値が大きいチェインが除外されます。
- r-factor : 閾値より値が大きいチェインが除外されます。
- Chain break数 : 閾値より数の多いチェインが除外されます。
- 未決定残基の割合 : 閾値より値が大きいチェインが除外されます。
- Ｃαのみの残基の割合 : 閾値より値が大きいチェインが除外されます。
- 主鎖のみの残基の割合 : 閾値より値が大きいチェインが除外されます。
- 配列長 : 閾値より数が少ないチェインが除外されます。
「優先度」を入力して下さい。
チェインの排除とは無関係に、各項目をキーにして対象チェインの整列を行ないます。
まず、チェインのリストは優先度「１」の項目で整列され、より優先度の低い項目は、優先度の高い項目の値が同じ値の場合に限り考慮されます。
後の処理では、リスト上位のチェインから優先的に代表に選出されることになります。
'Make List'ボタンをクリックするとチェインを選択・整列します。

画面２：「代表チェイン選出」

「サービス稼働状況」をクリックして「PDB代表タンパク質チェインDB」のサービスがONになっていることを確認して下さい。
「分類条件の指定」を指定して下さい。

配列上の類似性：残基一致率(ID%)のチェックボックスにチェックすると、残基一致率が閾値以上であれば、２つのチェインは類似性があるものとして、同じグループに分類されます。
構造上の類似性：平均原子間距離(RMSD)または最大原子間距離(Dmax)のチェックボックスにチェックすると、原子間距離が閾値以下であれば、２つのチェインに類似性があるものとして、同じグループに分類されます。

実行するサービスの稼働状況を見るには'Service status'ボタンをクリックします。
入力フォームを初期状態に戻したいときは'Reset this form'ボタンをクリックして下さい。
'Submit'ボタンをクリックすると処理が開始されます。

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