利用方法説明 - タンパク質二次構造予測

利用方法説明
タンパク質二次構造予測
配列指定

メソッド :

New Joint法は、５種類の異なる方法論の二次構造予測法を組み合わせ、それぞれの予測結果の多数決で、最終的な二次構造予測を行う方法である。 New Joint法の原版は、Qian-Sejnowski法、長野法、Ptitsyn-Finkelstein法、西川－大井法、Gibrat-Garinier-Robson法の５種類の予測法を用いた。これらは、我々が選んだテストセットにおける予測性能テストで、他の３種類の予測法(Chou-Fasman法、Garinier-Osguthorpe-Robson法、Lim法）より良い精度であった。 PAPIAで提供されているNew Joint法では、長野法に換わって、SSThread法（スレッディングを用いた二次構造予測法）を採用している。 New Joint法は、複数の異なる二次構造予測法が独立に計算を行うことと、 SSThread法でデータベース内の多くの構造とのスレッディング処理を行うため、並列計算に適した方法である。

文献 :

K. Nishikawa and T. Noguchi :
"Predicting protein secondary structure based on amino acid sequence",
Methods in Enzymology, Vol.202, pp.31-44 (1991).

M. Ito, Y. Matsuo and K. Nishikawa :
"Prediction of protein secondary structure using the 3D-1D compatibility algorithm.",
Comput. Appl. Biosci. vol.13, pp.415-424 (1997).

使用方法 :

「サービス稼働状況」 をクリックして「二次構造予測」のサービスが ONになっていることを確認して下さい。
「予測手法」 を選択して下さい。
現在 Chou-Fasman法 と New Joint法 が使用できます。
- Chou-Fasman法 : よく知られた手法であり計算時間も短いが、精度はやや劣る
- New Joint法 : ５つの予測プログラムの結果を総合するため時間がかかる。
「ラベル=」 のフィールドにはデータのタイトルを入力して下さい。 (省略可)
「アミノ酸配列」 のテキストエリアに二次構造を予測させたい配列をカットアンドペーストして下さい。
以下の２つのデータ形式が使用できます。
4.1
単純なアミノ酸配列（アミノ酸一文字コード形式）
例：
```
KLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMSKGSLLDFLK
```
4.2
FASTA形式
例：
```
>CSRC_HUMAN
KLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMSKGSLLDFLK
```
（「ラベル=」のフィールドが空白の場合にはデータフィールド一行目の「>」の後ろのラベルが配列のラベルとして使用されます。「>」の前にはスペースやその他の文字を入れないで下さい。）
配列の長さの上限は 500 残基です。 50 残基より短い場合は予測精度が下がります。
実行するサービスの稼働状況を見るには 'Service status' ボタンをクリックします。
入力フォームを初期状態に戻したいときは 'Reset this form' ボタンをクリックして下さい。
'Submit' ボタンをクリックすると処理が開始されます。
計算結果例

著作権について :

New Joint法の原版及びSSThread法で用いられているプログラム(COMPASS)の著作権は、蛋白工学研究所（ＰＥＲＩ）が所有する。New Joint法のPAPIA版は、新情報処理開発機構（ＲＷＣＰ）によって、並列化された。全ての権利は保有されている。
問い合わせ先：　技術研究組合　新情報処理開発機構　つくば研究センタ
　　　　　　　　並列応用つくば研究室　野口　保
　　　　　　　〒305-0032　茨城県つくば市竹園1-6-1つくば三井ビル
　　　TEL:81(298)53-1707, FAX:81(298)53-1680, E-mail:noguchi@trc.rwcp.or.jp.

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