利用方法説明
タンパク質構造検索
３次元座標指定画面

メソッド :

Kabsch 法（厳密なRMSD計算）を使用する。 検索対象のタンパク質断片を、PDB-REPRDBデータベース内のタンパク質チェイン から 切り出し得る全てのタンパク質断片と比較する。両者のアライメントにおいて ギャップを仮定しない。検索対象の断片を、データベース側の候補断片との間のRMSD （構造間の平均二乗距離の平方根）が最小となるように回転させる。その時のRMSD 値を計算する。報告する配列数をしぼり込むために、RMSDの閾値またはDmax （対応原子間距離の最大値）の閾値を指定することができる。

文献 :

W. Kabsch: "A discussion of the solution for the best rotation to relate two sets of vectors",
Acta Cryst. A34, pp.827-828 (1978).

使用方法 :

1. 「サービス稼働状況」 をクリックして「タンパク質構造検索（３次元座標指定）」のサービスが ONになっていることを 確認して下さい。
2. 「データベース」を選択して下さい。
   現在選択できるのは PDB-REPRDB ( PDB代表タンパク質チェインDB ) のみです。
3. 「検索の閾値」を設定して下さい。
   「RMSD距離」順 か 「Dmax距離」順を選択します。
   • RMSD : 構造間の平均二乗距離の平方根
   • Dmax : 対応原子間距離の最大値
   上限値と下限値に適切な閾値を設定して下さい。
   （両方を同時に省略することはできません。）
4. 「最大報告数」を入力して下さい。
   この数を超える検索結果出力は省略されます。
   最大で 300 まで指定できます。
5. 「ラベル=」のフィールドにはデータのタイトルを 入力して下さい。
6. テキストエリアに C-alpha 炭素の３次元座標を入力します。
   入力形式 : (x-座標) (y-座標) (z-座標)
   例 :
   

   	26.369	-3.226	33.623
   	23.790	-0.436	34.202
   	25.876	2.545	35.287
   	22.640	4.524	35.922

   便宜上、いわゆる PDB の ATOM 行を使用することもできます。
   この場合各行は 「ATOM」 ラベルで始まります。
   「Ca」 (C-alpha 炭素) 以外の行は無視されます。
   例 :

   ATOM     45  N   GLU    53      18.222  18.496 -16.203  1.00 21.95      1CTF  95
   ATOM     46  CA  GLU    53      17.706  17.982 -14.905  1.00 16.74      1CTF  96
   ATOM     47  C   GLU    53      17.368  16.466 -15.121  1.00 15.45      1CTF  97
   ATOM     48  O   GLU    53      16.780  16.073 -16.175  1.00 18.81      1CTF  98
   ATOM     49  CB  GLU    53      16.552  18.744 -14.351  1.00 17.35      1CTF  99

7. 実行するサービスの稼働状況を見るには'Service status' ボタンをクリックします。
8. 入力フォームを初期状態に戻したいときは 'Reset this form'ボタンをクリックして下さい。
9. 'Submit'ボタンをクリックすると処理が開始されます。
10. 計算結果例

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