利用方法説明
タンパク質構造検索
アミノ酸配列完全一致検索指定画面
メソッド :
このサブメニュー(アミノ酸配列完全一致検索)での計算内容は、実際には 構造検索ではなく配列検索といえる。入力された配列を、PDB-REPRDB構造データ ベース内の配列と比較し、一致する配列をもつ「構造」を報告する(ここが通常の 配列検索とは異なる)。報告された構造は構造ビュアーで観察できる。 アミノ酸変異やギャップは許さず「完全に」一致する配列断片(に対応する構造) のみを報告する。
使用方法 :
「サービス稼働状況」
をクリックして「タンパク質構造検索(アミノ酸配列の完全一致)」 のサービスが
ON
になっていることを確認して下さい。
「データベース」
を選択して下さい。
現在選択できるのは PDB-REPRDB ( PDB代表タンパク質チェインDB ) のみです。
「最大報告数」
を入力して下さい。
この数を超える検索結果出力は省略されます。
最大で 300 まで指定できます。
「ラベル=」
のフィールドにはデータのタイトルを 入力して下さい。
テキストエリア
「検索する配列断片(4残基以上)」
に配列を入力します。
入力できる配列長の上限は2,000残基です。
実行するサービスの稼働状況を見るには
'Service status'
ボタンをクリックします。
入力フォームを初期状態に戻したいときは
'Reset this form'
ボタンをクリックして下さい。
'Submit'
ボタンをクリックすると処理が開始されます。
計算結果例
PAPIAシステム,
papia@m.aist.go.jp
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技術研究組合 新情報処理開発機構
並列応用つくば研究室
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生命情報科学研究センター