利用方法説明
タンパク質構造検索
アミノ酸配列完全一致検索指定画面


メソッド :

このサブメニュー(アミノ酸配列完全一致検索)での計算内容は、実際には 構造検索ではなく配列検索といえる。入力された配列を、PDB-REPRDB構造データ ベース内の配列と比較し、一致する配列をもつ「構造」を報告する(ここが通常の 配列検索とは異なる)。報告された構造は構造ビュアーで観察できる。 アミノ酸変異やギャップは許さず「完全に」一致する配列断片(に対応する構造) のみを報告する。

使用方法 :

  1. 「サービス稼働状況」 をクリックして「タンパク質構造検索(アミノ酸配列の完全一致)」 のサービスがON になっていることを確認して下さい。
  2. 「データベース」を選択して下さい。
    現在選択できるのは PDB-REPRDB ( PDB代表タンパク質チェインDB ) のみです。
  3. 「最大報告数」を入力して下さい。
    この数を超える検索結果出力は省略されます。
    最大で 300 まで指定できます。
  4. 「ラベル=」 のフィールドにはデータのタイトルを 入力して下さい。
  5. テキストエリア 「検索する配列断片(4残基以上)」 に配列を入力します。
    入力できる配列長の上限は2,000残基です。
  6. 実行するサービスの稼働状況を見るには 'Service status' ボタンをクリックします。
  7. 入力フォームを初期状態に戻したいときは 'Reset this form' ボタンをクリックして下さい。
  8. 'Submit' ボタンをクリックすると処理が開始されます。
  9. 計算結果例

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