2006年11月10日掲載

DB-SPIRE HP ： http://mbs.cbrc.jp/DB-SPIRE/

タンパク質は、様々な機能を持つ生体高分子で、その分子が他の物質と相互作用し、反応することによって、機能が発揮されます。 したがって、そのメカニズムを知るためには、その相互作用が分子のどこで起こっているかを知る必要があります。

本データベースは、実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。 アミノ酸配列モチーフデータベースとして、 PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。 前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。 タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。 PDBのエントリーによっては、配列情報が一致するとは限らないので、どちらか一方だとモチーフ情報を見落とす可能性があるためです。