ゲノム情報研究センター[CBRC]

2008年 9月16日掲載

LAST HP : http://last.cbrc.jp/

LASTは大きなゲノム配列同士の比較を容易に行ったり、454、Solexa、SOLiD等の新型シークエンサーから得られる巨大なタグ配列データの解析を目的としています。LASTは以下の特徴を備えています。

* 任意の大きさの初期ヒットを見つけるためのサフィックス・アレイ。配列の種類に応じて、その繰り返し度合いを考慮して、初期ヒットのサイズを変えることにより、初期ヒット数の爆発を防いでいます。

*（ギャップありシード配列同様に）不連続なサフィックス・アレイが使用可能で、高い感度を実現します。

*（BLATと同様に）スパースなサフィックス・アレイが使用可能で、感度を犠牲にする代わりに時間とメモリを節約できます。

* X-dropアルゴリズムを用いた高速なギャップ付アラインメント。

* 長い配列の自己比較する場合にも、動作するように工夫されています。

* フレキシブルで使いやすい設計。任意のアルファベット、置換スコアが選択可能。一般化アフィンギャップコストにも対応。

* 2GBのメモリで動作します。

* 超高速です。