ゲノム情報研究センター[CBRC]

2008年12月16日掲載

　日本バイオインフォマティクス学会年会 (Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics) では、毎年100件ほど発表されるポスターの中から優秀な発表を選び、ベストポスター賞 Oxford Journals JSBi Prize を授与しています。2008年12月15-16日に大阪千里ライフサイエンスセンターで開催された2008年度年会 JSBi 2008 の Oxford Journals JSBi Prize として、独立行政法人産業技術総合研究所生命情報工学研究センターRNA情報工学チームの共同研究員で、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムの佐藤 健吾研究員が筆頭著者である以下の発表が選ばれました。

論文概要

• タイトル:A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures
• 著者:Kengo Sato, Michiaki Hamada, Toutai Mituyama, Kiyoshi Asai and Yasubumi Sakakibara

　確率文脈自由文法による RNA 二次構造予測では、用いる文法構造が予測精度を大きく左右する。与えられた文法のパラメータを最適化する手法はこれまで存在したが、文法構造そのものまで学習する手法はなかった。本研究で提案する手法は、ノンパラメトリックベイズ法の一つである階層ディリクレ過程を用いて確率文脈自由文法を拡張する。このモデルでは、今まではメタパラメータとして扱っていたものをベイズ的に厳密に扱うことが可能となり、それにより文法規則を含めて最適化することができる。これによって RNA 二次構造予測に用いる文法構造を含めて訓練データから学習することが可能となり、従来の確率文脈自由文法に比べて二次構造予測の精度が大きく向上することを示した。

　JSBi 2008 の closing session で行われた表彰式では、日本バイオインフォマティクス学会会長の後藤修教授より賞金を授与され、年会参加者から多くの祝福と激励をいただきました。