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  • 論文（著作・刊行物）

論　文（著作・刊行物）

  • 広川 貴次:"構造情報に基づくバーチャルスクリーニング", 最新創薬インフォマティクス活用マニュアル, メディカルドゥ, pp.74-78(2011)
  • 広川 貴次:"創薬標的タンパク質解析と医薬品探索", 実験医学使えるデータベース・ウェブツール, 羊土社, pp.216-221(20110)
  • 崎山 則征, 富井 健太郎, Paul Horton:"タンパク質の構造・機能ドメイン、相互作用データベース", 実験医学増刊号バイオDB, 羊土社, 84-90(2011)
  • Shigeru Saito, Katsuhisa Horimoto:"Network Screening: A New Method to Identify Active Networks from an Ensemble of Known Networks", Applied Statistics for Network Biology: Methods in Systems Biology, Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, pp.281-298, 21-Apr. 2011
  • 藤 博幸: "タンパク質の立体構造入門-基礎から構造バイオインフォマティクスへ-", KS生命科学専門書, 講談社, (2010)
  • 諏訪 牧子: "5章　3節　膜タンパク質の構造予測　（タンパク質の立体構造入門）", タンパク質の立体構造入門, 講談社, pp.114-118(2010)
  • 藤渕 航: "シミュレーテッドアニーリングによる多重プライマー配列デザイン法-mRNA絶対定量に向けて-", シングルセル解析の最前線, シーエムシー出版, pp.265-273(2010)
  • Katou, T., Fujibuchi, W.: "Kernel Classification Methods for Cancer Microarray Data", Medical Biostatistics for Complex Diseases, Wiley-Blackwell, pp.279-303(2010)
  • Horton, P.: "Genome informatics: advances in theory and practice", Genome Medicine, BioMed Central, 2(7)pp.1-2(2010)
  • Gromiha, M.M.: "Protein Bioinformatics: From Sequence to Function", Protein Bioinformatics; From Sequence to Function, Elsevier, pp.1-332(2010)
  • 金 大真; "Rを用いた標準化-Affymetrix, Agilentなど", マイクロアレイデータ統計解析プロトコール, (2008).
  • Michael Gromiha; "Protein Bioinformatics: From Sequence to Function", Protein Bioinformatics; From Sequence to Function, (2008).
  • 油谷 幸代; "偏相関係数によるネットワーク推定-グラフィカル・ガウシアン・モデル法-", マイクロアレイデータ統計解析プロトコール, (2008).
  • 油谷 幸代, 齊藤 秀, 堀本 勝久; "ASIAN: Network Inference Web Server", Bioinformatics for Systems Biology, (2008).
  • 福井 一彦; "糖鎖インフォマティクス、データーベース：計算による構造解析", 産総研　TODAY, 8(11), pp.14(2008).
  • 光山 統泰; "ゲノムブラウザーを用いたsmall RNAアノテーション", 実験医学, 26(19), pp.3071-3078(2008).
  • 藤渕 航, 堀本 勝久:"マイクロアレイデータ統計解析プロトコール", 羊土社, (2008).
  • 金 大真, 浅井 潔:"機能性RNAデータベース", 実験医学増刊, 26（7）, pp.112-120 (2008).
  • Horton Paul: "アミノ酸配列に基づくタンパク質の細胞内局在予測", バイオインフォマティクスツールの開発と生命研究への応用の最前線, 26(7), pp.140-146 (2008).
  • 広川 貴次: "分子間相互作用解析ハンドブック（ドッキング計算によるタンパク質-タンパク質相互作用予測）", 分子間相互作用解析ハンドブック, pp.132-136 (2007).
  • 長野希美: "酵素触媒機構データベース EzCatDB", 酵素工学ニュースレター, 酵素工学研究会, 57, pp.38-43 (2007).
  • 長野希美: "酵素触媒機構データベース：EzCatDB　−加水分解反応、転移反応機構の系統的な比較について", 生物物理,（日本生物物理学会誌）理論/実験・技術, 47(5), pp.323−327 (2007).
  • 藤渕 航、岡田 吉史: "GSEA によるマイクロアレイデータからの遺伝子機能集団の探索法", 実験医学, 25(6), pp.865-871 (2007).
  • 岡田 吉史、藤渕 航: "第４章「発現プロファイル・パスウェイ解析・プロテオミクス」", バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法第2版, pp.150-156 (2007).
  • Horton, P.: "Computational Prediction of Subcellular Localization", Protein Targeting Protocols, pp.429-466 (2007).
  • ポール・ホートン、中井謙太: "PSORT（ピーソート）", バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 改訂第2版, pp.108-114 (2007).
  • 油谷 幸代: "3.2トランスクリプトームとプロテオーム". はじめてのバイオインフォマティクス, pp.97-123 (2006).
  • 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 諏訪 牧子, 浅井 潔, 成松 久, 秋山 泰: "バイオインフォマティクスによる糖転移酵素遺伝子の発見", ケミカルエンジニヤリング, pp437-440 (2006).
  • 金 大真: "機能性RNAの網羅的 in silico 予測", ゲノム医学, pp97-100 (2006).
  • Gromiha, M.M.: "Conformational aspects and interaction studies of heterocyclic drugs", Topics in Heterocyclic Chemistry, pp81-147 (2006).
  • 長野 希美: "酵素触媒機構データベース EzCatDB", バイオテクノロジー ジャーナル, 6(4), pp.437-439 (2006).
  • 富井 健太郎: "スコア付け体系", バイオインフォマティクス事典 (2006).
  • 広川 貴次: "バイオ実験で役に立つコンピュータ活用術", バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド, pp.118-150 (2006).
  • 後藤 修, 矢田 哲士, 山田 真介: "Multiple Sequence Alignment", Handbook on Computational Molecular Biology, 9, pp.3-1 - 3-36 (2006).
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  • 福井 一彦: "未来を拓く糖鎖科学", 未来を拓く糖鎖科学 (2005).
  • 富井 健太郎: "立体構造予測", 人工知能学事典 (2005).
  • 後藤 修: "アラインメント", 人工知能学辞典, pp.813 (2005).
  • 藤渕 航: "CellMontage 遺伝子発現プロファイル検索解析システム", 産総研TODAY, 5(11), pp.32 (2005).
  • 藤渕 航: "Q94 タンパク質の相互作用をインターネットで調べたい", タンパク質分析（研究）超基本Q＆A, pp.233-235 (2005).
  • 広川 貴次: "創薬現場の知恵を取り入れた化合物結合予測", BIONICS, 2005年8月, pp.24-27 (2005).
  • 関嶋 政和: "生体分子の機能を明らかにする網羅的シミュレーションの時代がやってきた", BIONICS, 2005年8月, pp.20-23 (2005).
  • 千見寺 浄慈, 高田 彰二, 本野 千恵, 富井 健太郎: "CASP6会議報告―日本勢がんばる―", 生物物理, 45(3), pp.165 (2005).
  • 向井 有理: "No.71 糖転移酵素遺伝子 網羅的発見への応用 糖転移酵素の膜貫通領域判別", 産総研技術開発カタログ 次のヒントはここにある, pp.170-171 (2005).
  • 長野 希美: "酵素触媒機構データベース：EzCatDB", AIST today, 5(3), pp.37 (2005).
  • 富井 健太郎: "CASP6 予測体験記と参加報告", PRCニュースレター, 2005.21 (2005).
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  • 福田 賢一郎: "オントロジーとその活用法", ゲノム研究実験ハンドブック, pp.95-100 (2004).
  • Natalia Polouliakh, 藤渕 航: "第2章生物学データベース 7．遺伝子発現プロファイルデータベースGEOデータベース", ゲノム研究実験ハンドブック, pp.101-108 (2004).
  • Kashima, H., Tsuda, K., Inokuchi, A.: "Kernels for Graphs", Kernel methods in computational biology, pp.155-170 (2004).
  • Vert, J.-P., Tsuda, K., Schoelkopf, B.: "A primer on kernel methods", Kernel methods in computational biology, pp.35-70 (2004).
  • 野口 保: "バイオインフォマティクス", 日本機械学会誌２００４年８月号　機械工学年鑑, 107(1029), pp.595 (2004).
  • Horton, P., Mukai, Y., Nakai, K.: "Protein Localization Prediction (book chapter) in The Practical Bioinformatician", The Practical Bioinformatician (2004).
  • Kin, T., Kato, T., Tsuda, K.: "Protein classification via kernel matrix completion", Kernel Methods for Computational Biology (2004).
  • 広川 貴次: "受容体−薬物結合の分子モデルを構築：生命情報科学を駆使、創薬へ応用", 日経先端技術, 55, pp.2-3 (2004).
  • Arita, M.: "Writing Information Into DNA", Aspects of Molecular Computing, pp.23-35 (2004).
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  • 加藤 毅: "複数のタンパク質の重ね合わせ計算--確率モデルによる剛体変換推定の新理論", AIST Today, 3(11), pp.9(2003).
  • 後藤 修: "P450遺伝子の構造", シトクロムP450, pp.74-85 (2003).
  • 北島 正人, 後藤 修: "P450についての研究資料のデータベース検索", シトクロムP450 (2003).
  • 向井 有理: "糖転移酵素の膜貫通領域判別 −糖転移酵素遺伝子 網羅的発見への応用−", AIST Today, 3(10), pp.16 (2003).
  • 金 大真: "Best Paper Award受賞に関して", 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター, 6, pp.5-6 (2003).
  • 津田 宏治: "サポートベクトルマシーン--理論と実際", パターン認識と学習の統計学, pp.99-138 (2003).
  • 福田 賢一郎: "パスウェイデータベース--知識の表現と利用", 情報生物学講義--６-生命情報の大規模化とその科学 (2003).
  • 福田 賢一郎: "文献からの情報抽出と体系化", 情報生物学講義--６-生命情報の大規模化とその科学 (2003).
  • 諏訪 牧子: "モチーフ情報の活用", バイオインフォマテイクスの実際, pp.106-113 (2003).
  • 富井 健太郎: "タンパク質の立体構造予測", バイオインフォマティクスの実際, pp.168-176 (2003).
  • 富井 健太郎: "CASP5 参加報告", PRCニュースレター, 2003.07 (2003).
  • 相田 拓洋: "擬種と中立ネットワーク地形", 生命の起源と進化の物理学, pp.78-93 (2003).
  • 広川 貴次: "第2章 タンパク質の細胞内局在化予測", バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法, pp.74-80 (2003).
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  • 後藤 修: "ゲノム、蛋白質配列の比較情報解析", 産総研シリーズ、ポストゲノム、−ライフサイエンス最前線−, pp.155-166 (2002).
  • 津田 宏治: "カーネル設計の技術", 第5回情報論的学習論ワークショップ予稿集, pp.1-10 (2002).
  • 福田 賢一郎: "パスウェイデータベース--知識の表現と利用", 実験医学, 20(13), pp.1861-1867 (2002).
  • 長野 希美: "配列・立体構造・機能に基づく酵素スーパーファミリーの系統的解析−TIMバレル型糖加水分解酵素（Glycosidase）スーパーファミリーへの応用−", AIST Today, 2(7), pp.16 (2002).
  • Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Recent Research Developments in Protein Folding, Stability and Design", Recent Research Developments in Protein Folding, Stability and Design (2002).
  • 広川 貴次, 美宅 成樹: "できるバイオインフォマティクス", できるバイオインフォマティクス (2002).
  • 福田 賢一郎: "シグナル伝達と仮説推論", 電子情報通信学会技術研究報告, 102(91), pp.61-66 (2002).
  • 後藤 修: "多重配列アラインメント", バイオインフォマティクス, pp.144-210 (2002).
  • 広川 貴次: "タンパク質解析を中心としたバイオインフォマティックスの活用法", Science & Technonews Tsukuba, 61, pp.8-11 (2002).
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  • 広川 貴次: "Gタンパク質共役型受容体（GPCR）をターゲットとしたバイオインフォマティックス", PHARM STAGE, 1(6), pp.76-82 (2001).
  • 諏訪 牧子: "GPCRの網羅的発見と解析−ヒトゲノムへの応用", AIST Today, 1(9), pp.8 (2001).
  • 諏訪 牧子: "ホモロジー検索以外の遺伝子機能予測手法−物理化学的パラメータに基づく方法を中心として", 実験医学（増刊）, 19(11), pp.61-66 (2001).
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