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  • 誌上発表・査読無し：2005年

論　文（誌上発表・査読無し：2005年）

  • Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "The Molecular Dynamics Simulations of the Conformational Transition of Prion Protein from its Cellular Form to the Anomalous Form using the Earth Simulator", Annual Report of the Earth Simulator Center 2004-2005 (2005).
  • 池田 和由, 富井 健太郎, 広川 貴次, 肥後 順一: "タンパク質中のセグメントが造る構造空間の解析", 日本生物物理学会第43回年会予稿集, 45(S1), pp.S122 (2005).
  • 藤渕 航, Larisa Kiseleva, 谷口 丈晃, Paul Horton: "細胞の知識ベース開発と遺伝子発現プロファイルによる細胞種と特徴予測", 情報処理学会研究報告 - バイオ情報学, 2005(99), pp.33-37 (2005). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
  • 富井 健太郎, 広川 貴次, 太田 元規: "ロータマーを考慮した経験的ポテンシャルのタンパク質立体構造予測におけるモデル検証への適用", 生物物理, 45, pp.S204 (2005).
  • Fukui, K., Akiyama, Y.: "Computational study of structure-reactivity for Na adduct oligosaccharides", Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 230 (2005).
  • Fukui, K., Akiyama, Y.: "Exhaustive computational analysis of peptides for the fragmentation in low-energy dissociation mass spectrometry", Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 230 (2005).
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  • Sekijima, M., Motono, C., Akiyama, Y., Kaneko, K., Noguchi, T.: "Dynamics Differences among Species of Prion Protein: Molecular Dynamics Simulation of Mouse, Dog, Cat, Pig, Sheep, Cattle, and Human", Protein Science, 14(suppl1), pp.264 (2005).
  • Xavier Suresh, Michael Gromiha, 諏訪 牧子: "Database and Analysis of binding site residues and ligands in membrane protein-ligand complexes", 2005年CBI学会大会 予稿集, pp.61 (2005).
  • Michael Gromiha, 諏訪 牧子: "Structural Analysis and Discrimination of Outer Membrane Proteins", 2005年CBI学会大会 予稿集, pp.43 (2005).
  • 広川 貴次: "相互作用類似尺度を利用したタンパク質／リガンド結合予測法の開発", 情報処理学会研究報告 - バイオ情報学, 2005(74), pp.29-34 (2005). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
  • Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Structural Analysis and Discrimination of Outer Membrane Proteins", European Journal of Biochemistry, 272(S1), pp.371 (2005).
  • Suresh, X., Gromiha, M.M., Suwa, M.: "Analysis of binding site residues and ligands in membrane protein-ligand complexes", European Journal of Biochemistry, 272(S1), pp.49 (2005).
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  • 朴 聖俊, 千見寺 浄慈, 広川 貴次, 富井 健太郎, 高田 彰二: "タンパク質立体構造予測の現状と未来", 日本応用数理学会年会講演予稿集, 20(4), pp.479-485 (2005).
  • Abdulla Bava, Michael Gromiha, 上平 初穂, 北島 浩司, 皿井 明倫: "Latest developments in ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", 第5回日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, pp.123 (2005).
  • Sharji Kumar, Ponraj Prabakaran, 上平 初穂, Michael Gromiha, 北島 浩司, 皿井 明倫: "New version of ProNIT: Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions", 第5回日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, pp.123 (2005).
  • Micheal Gromiha, Shandar Ahmad, 諏訪 牧子: "Discrimination of Outer Membrane Proteins and Predicting their Membrane Spanning Segments", 第5回日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, pp.64 (2005).
  • 野口 保: "タンパク質構造変化部位データベースの構築", 第5回日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, pp.24 (2005).
  • 後藤 修, 長崎 英樹: "選択的スプライシング・選択的転写開始の解析", 動物遺伝育種研究, 32(2), pp.39-46 (2005).
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  • 富井 健太郎: "プロファイル比較法によるタンパク質立体構造予測技術の開発と検証", JITAニュースレター, pp.5 (2005).
  • Tomii, K.: "Further development of profile-profile alignment methods for protein structure prediction", AIST Today, 16(Spring), pp.39 (2005). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
  • 富井 健太郎, 広川 貴次, 本野 千恵: "プロファイル比較法の更なる発展 -世界的規模のタンパク質立体構造予測コンテストで第３位-", AIST Today, 5(3), pp.22-23 (2005). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
  • Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Conformational transition of Prion Protein from its cellular form to the fibril form investigated by molecular dynamics simulations", Biophysical Journal, 88(1), pp.36 (2005). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
  • Kato, T., Tsuda, K., Asai, K.: "Biological network inference via kernel matrix completion", The institute of electronics, information and communication engineers (IEICE) Technical Report (2005).
  • Gromiha, M.M.: "Database, analysis and discrimination of outer membrane proteins", Proc. Life Science Seminar, 2005, pp.97 (2005).
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