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• 誌上発表・査読有り：2002年

論　文（誌上発表・査読有り：2002年）

• Yabuki, Y., Mukai, Y., Suwa, M.: "GENIUS II: A Database System Including Complete Genome ORFs that are Assigned to Protein Three-Dimensional Domains", Genome informatics, 13, pp.517-518(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Kin, T., Tsuda, K., Asai, K.: "Marginalized kernels for RNA sequence data analysis", Genome informatics, 13, pp.112-122(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Saeki, S., Asai, K., Takahashi, K., Ueno, Y., Isono, K., Iba, H.: "Inference of Euler angles for single particle analysis by using Genetic Algorithms", Genome informatics, 13, pp.133-142(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Suenaga, A., Okimoto, N., Ebisuzaki, T.: "Refolding molecular dynamics simulations of small- and middle-sized proteins in an explicit solvent", Molecular Simulation, 28(Number 4 / 2002), pp.337-357(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Sekijima, M., Takasaki, S., Nakamura, S., Shimizu, K.: "Automatic Improvement of Scheduling Policies in Parsley Parallel Programming Environment", Proceeding (373) Parallel and Distributed Computing and Systems - 2002, pp.380-385(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Gromiha, M.M., Thomas, S., Santhosh, C.: "Role of cation-pi interactions to the stability of thermophilic proteins", Preparative Biochemistry & Biotechnology, 32(4), pp.355-362(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Asai, R., Nakamura, C., Ikebukuro, K., Karube, I., Miyake, J.: "Detection technique of asymmetric RT-PCR-based amplified single-stranded DNA and its application to biosensor for detection of mRNA for cyanobacteria, Anabaena variabilis", Biotechnology Letters, 24(20), pp.1677-1682(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Kumarevel, T.S., Gromiha, M.M., Selvaraj, S., Gayatri, K., Kumar, P.K.: "Influence of Medium and Long-range Interactions in Different Folding types of Globular Proteins", Biophysical Chemistry, 99(2), pp.189-198(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Arita, M., Tsuda, K., Asai, K.: "Modeling splicing sites with pairwise correlations", Bioinformatics, 18(Suppl 2), pp.S27-S34(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sasaki, T., Sonoyama, M., Mukai, Y., Nakazawa, C., Mitaku, S.: "Structural stability of bacteriorhodopsin solubilized by Triton X-100", Journal of Photoscience, 9(2), pp.293-295(2002).
• Tsuda, K., Kawanabe, M., Ratsch, G., Sonnenburg, S., Muller, K.-R.: "A new discriminative kernel from probabilistic models", Neural Computation, 14(10), pp.2397-4214(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Tsuda, K., Kawanabe, M., Raetsch, G., Sonnenburg, S., Mueller, K.-R.: "A New Discriminative Kernel from Probabilistic Models", Advances in Neural Information Processing Systems, 14, pp.977-984(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
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• Husimi, Y., Aita, T., Tabuchi, I.: "Correlated Flexible Molecular Coding and Molecular Evolvability", Journal of Biological Physics, 28(3), pp.499-507(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Nagano, N., Orengo, C.A., Thornton, J.M.: "One fold with many functions: the evolutionary relationships between TIM barrel families based on their sequences, structures and functions", Journal of Molecular Biology, 321(5), pp.741-765(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Oobatake, M., Kono, H., Uedaira, H., Sarai, A.: "Importance of mutant position in Ramachandran plot for predicting protein stability of surface mutations", Biopolymers, 64(4), pp.210-220(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Tsuda, K., Kawanabe, M.: "The Leave-One-Out Kernel", Artificial Neural Networks - ICANN 2002: International Conference, Madrid, Spain, August 28-30, 2002. Proceedings, 2415, pp.727-732(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Tsuda, K., Kin, T., Asai, K.: "Marginalized kernels for biological sequences", Bioinformatics, 18(Supple 1), pp.S268-S275(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Aita, T., Hamamatsu, N., Nomiya, Y., Uchiyama, H., Shibanaka, Y., Husimi, Y.: "Surveying a local fitness landscape of a protein with epistatic sites for the study of directed evolution", Biopolymers, 64(2), pp.95-105(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Onizuka, K., Noguchi, T., Akiyama, Y., Matsuda, H.: "Using Data Compression for Multidimensional Distribution Analysis", IEEE Intelligent Systems, 17(3), pp.48-54(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Ahmad, S., Gromiha, M.M.: "NETASA: neural network based prediction of solvent accessibility", Bioinformatics, 18(6), pp.819-824(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Mitaku, S., Hirokawa, T., Tsuji, T.: "Amphiphilicity index of polar amino acids as an aid in the characterization of amino acid preference at membrane-water interfaces", Bioinformatics, 18(4), pp.608-616(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sarai, A., Gromiha, M.M., An, J., Prabakaran, P., Selvaraj, S., Kono, H., Oobatake, M., Uedaira, H.: "Thermodynamic databases for proteins and protein-nucleic acid interactions, Biopolymers, 61(2), pp.121-126(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Yoshida, T., Nishimura, T., Aida, M., Pichierri, F., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Evaluation of FREE energy landscape for base-amino acid interactions using ab initio force field and extensive sampling", Biopolymers, 61(1), pp.84-95(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Arita, M., Kobayashi, S.: "DNA Sequence Design Using Templates", New Generation Computing, 20, pp.263-277(2002).
• Nishimura, S.I.: "A predator's selection of an individual prey from a group", Biosystems, 65(1), pp.25-35(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Nakano, T., Kaminuma, T., Sato, T., Fukuzawa, K., Akiyama, Y., Uebayasi, M., Kitaura, K.: "Fragment molecular orbital method: use of approximate electrostatic potential", Chemical Physics Letters, 351(5-6), pp.475-480(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Gromiha, M.M., Uedaira, H., An, J., Selvaraj, S., Prabakaran, P., Sarai, A.: "ProTherm, Thermodynamic Database for Proteins and Mutants: developments in version 3.0", Nucleic Acids Research, 30(1), pp.301-302(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sakata, K., et al. (incl. Nagasaki, H. from CBRC): "RiceGAAS: an automated annotation system and database for rice genome sequence", Nucleic Acids Research, 30(1), pp.98-102(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Tsuda, K., Sugiyama, M., Miller, K.-R.: "Subspace information criterion for nonquadratic regularizers-Modelselection for sparse regressors", IEEE Transactions on Neural Networks, 13(1), pp.70-80(2002). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。

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