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• 誌上発表・査読有り：2004年

論　文（誌上発表・査読有り：2004年）

• Ahmad, S., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Predictive annotation of DNA binding residues and proteins based on sequence and structure information", 生物物理, 44(SUPPLEMENT_1), pp.S138(2004).
• Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Sequence and Structural Analysis of Outer Membrane Proteins: Applications to Discrimination and Prediction", Genome Informatics, 15(2), pp.P151-1 - P151-2(2004).
• Tsuda, K., Raetsch, G., Warmuth, M.: "Matrix Exponential Updates for On-line Learning and Bregman Projection", Advances in Neural Information Proecssing Systems, 17, pp.1425-1432(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., Takahashi, K.: "Fragmentation study of peptides using Fourier transform ion cyclotron resonance with infrared multiphoton dissociation: experiment and simulation European", Journal of Mass Spectrometry, 10, pp.639-648(2004). ■PubMed
• Shiozawa, K., Maita, N., Tomii, K., Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., Hiroaki, H.: "Crystallographic characterization of the N-terminal domain of PEX1", Biological Crystallography, 60(Pt 11), pp.2098-2099(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Shiozawa, K., Maita, N., Tomii, K., Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., Hiroaki, H.: "Structure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase. Characterization of a putative adaptor-binding domain", Journal of Biological Chemistry, 279(48), pp.50060-50068(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
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• Sakamoto, K., Kadota, K., Oishi, K.: "Light-induced phase-shifting of the peripheral circadian oscillator in the hearts of food-deprived mice", Experimental Animals, 53(5), pp.471-474(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Siebers, J., Selvaraj, S., Kono, H., Sarai, A.: "Role of Inter and intramolecular interactions in protein-DNA recognition", Proceeding of 14th International workshop on Beyond the Indentification of Transcribed Sequences, pp.64(2004).
• Gromiha, M.M., Parry, D.A.: "Characteristic features of amino acid residues in coiled-coil protein structures", Biophysical Chemistry, 111(2), pp.95-103(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Wang, J.Y., Ahmad, S., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Look-up tables for protein solvent accessibility prediction and nearest neighbor effect analysis", Biopolymers, 75(3), pp.209-216(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Inter-residue interactions in protein folding and stability", Progress in Biophysics and Molecular Biology, 86(2), pp.235-277(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Kumondai, K., Toyoda, M., Iwamoto, K., Ishihara, M., Katakuse, I.: "Ion/Molecule Reactions of Silver Cluster Cations with Crown Ethers in a Cylindrical Ion Trap", Japanese Journal of Applied Physics, 43(10), pp.7282-7286(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
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• Gokhan, H., Bakir, A.Z., Tsuda, K.: "Learning to Find Graph Pre-images", Lecture Notes in Computer Science (Pattern Recognition: 26th DAGM Symposium, Tubingen, Germany, August 30 - September 1, 2004. Proceedings), 3175, pp.253-261(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Aita, T., Morinaga, S., Husimi, Y.: "Thermodynamical interpretation of evolutionary dynamics on a fitness landscape in a evolution reactor, I", Bulletin of Mathematical Biology, 66(5), pp.1371-1403(2004). ■ジャーナルサイトのアブストラクト ■PubMed
• Fukui, K., Akiyama, Y., Takahashi, K.: "Theoretical and experimental studies for isomers of oligosaccharides using CID-MS/MS quadropole/time-of-flight mass spectrometry", Abstracts of paper of the American Chemical Society, 228, pp.U230(2004).
• Kato, T., Tsuda, K., Tomii, K., Asai, K.: "A New Variational Framework for Rigid-Body Alignment", Lecture Notes in Computer Science (Structural, Syntactic, and Statistical Pattern Recognition: Joint IAPR International Workshops, SSPR 2004 and SPR 2004, Lisbon, Portugal, August 18-20, 2004. Proceedings), 3138, pp.171-179(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Tsuda, K., Noble, W.S.: "Learning kernels from biological networks by maximizing entropy", Bioinformatics, 20(Suppl 1) pp.I326-I333(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sarai, K., Gromiha, M.M., Ahmad, S., Kono, H.: "Developing Genome-Scale Prediction System for Transcription Factors and Their Targets", Proceeding of 12th ISMB and 3rd ECCB, pp.195(2004).
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• Gromiha, M.M., Pujadas, G., Magyar, C., Selvaraj, S., Simon, I.: "Identifying the Stabilizing Residues in (a/b)8 Barrel Proteins Based on Hydrophobicity, Long-range Interactions and Sequence Conservation", Proceeding of 12th ISMB and 3rd ECCB, pp.195(2004).
• Arai, M., Mitsuke, H., Ikeda, M., Xia, J.X., Kikuchi, T., Satake, M., Shimizu, T.: "ConPred II: a consensus prediction method for obtaining transmembrane topology models with high reliability", Nucleic Acids Research, 32(Web Server issue), pp.W390-W393 (2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Yokota Hirai, M., Yano, M., Goodenowe, D.B., Kanaya, S., Kimura, T., Awazuhara, M., Arita, M., Fujiwara, T., Saito, K.: "Integration of transcriptomics and metabolomics for understanding of global responses to nutritional stresses in Arabidopsis thaliana", PNAS, 101(27), pp.10205-10210(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Uedaira, H., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Thermodynamic database for biomolecules: Proteins and mutants", Comprehensive Handbook of Calorimetry and Thermal Analysis, pp.276-279(2004).
• Sarai, A., Gromiha, M.M., Ahmad, S., Kono, H.: "Genome scale prediction of transcription factors and their targets", Proceeding of 4th International conference on bioinformatics of genome regulation and structure (2004).
• Gromiha, M.M., Pujadas, G., Magyar, C., Selvaraj, S., Simon, I.: "A Consensus Approach for Identifying the Stabilizing Residues in (alpha/beta)8 Barrel Proteins", Proceeding of CBI meeting 2004, pp.89(2004).
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• Selvaraj, S., Gromiha, M.M.: "Importance of hydrophobic cluster formation through long-range contacts in the folding transition state of two-state proteins", Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 55(4), pp.1023-1035(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Santhosh, C., Ahmad, S.: "Structural analysis of cation?π interactions in DNA binding proteins", International Journal of Biological Macromolecules, 34(3), pp.203-211(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Tsuda, K., Raetsch, G.: "Image Reconstruction by Linear Programming", Advances in Neural Information Processing Systems, 16, pp.57-64(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Imanishi, T., et al.(incl. Nagasaki, H., Suwa, M. from CBRC): "Integrative Annotation of 21,037 Human Genes Validated by Full-Length cDNA Clones", PLoS Biology, 2(6), pp.e162(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sogawa, K., Numayama-Tsuruta, K., Takahashi, T., Matsushita, N., Miura, C., Nikawa, J., Gotoh, O., Kikuchi, Y., Fujii-Kuriyama, Y.: "A novel induction mechanism of the rat CYP1A2 gene mediated by Ah receptor-Arnt heterodimer", Biochemical and Biophysical Research Communications, 318(3), pp.746-755(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., Takahashi, K.: "Charge-state selective fragmentation analysis for protonated peptides in infrared multiphoton dissociation", International Journal of Mass Spectrometry, 235(1), pp.25-32(2004). ■Full Text Paper(PDF) on the Journal Website. You need the license for the electrical journal.
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• 福田 賢一郎, 山縣 友紀, 高木 利久: "複合グラフ構造による生命現象メカニズムのデータベース化", 情報処理学会論文誌：データベース, 45(SIG 7(TOD 22)), pp.77-84(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Ahmad, S., Gromiha, M.M., Fawareh, H., Sarai, A.: "ASAView: database and tool for solvent accessibility representation in proteins", BMC Bioinformatics, 5, pp.51(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Pujadas, G., Magyar, C., Selvaraj, S., Simon, I.: "Locating the stabilizing residues in (alpha/beta)8 barrel proteins based on hydrophobicity, long-range interactions, and sequence conservation", Proteins, 55(2), pp.316-329(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Polouliakh, N., Konno, M., Horton, P., Nakai, K.: "Parameter Landscape Analysis for Common Motif Discovery Programs", Lecture Notes in Computer Science (Regulatory Genomics: RECOMB 2004 International Workshop, RRG 2004, San Diego, Ca, USA, March 26-27, 2004, Revised Selected Papers), 3318, pp.79-87(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Igarashi, S., Hirokawa, T., Sode, K.: "Engineering PQQ glucose dehydrogenase with improved substrate specificity. Site-directed mutagenesis studies on the active center of PQQ glucose dehydrogenase", Biomolecular Engineering, 21(2), pp.81-89(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Arita, M.: "Computational resources for metabolomics", Briefings in Functional Genomics and Proteomics, 3(1), pp.84-93(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Asai, R., Nishimura, S., Aita, T., Takahashi, K.: "In Vitro Selection of DNA Aptamers on Chips Using a Method for Generating Point Mutations", Analytical Letters, 37(4), pp.645-656(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Neural network-based prediction of transmembrane beta-strand segments in outer membrane proteins", Journal of Computational Chemistry, 25(5), pp.762-767(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Hourai, Y., Akutsu, T., Akiyama, Y.: "Optimizing substitution matrices by separating score distributions", Bioinromatics, 20(6), pp.863-873(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Siebers, J.G., Selvaraj, S., Kono, H., Sarai, A.: "Intermolecular and Intramolecular Readout Mechanisms in Protein-DNA Recognition", Journal of Molecular Biology, 337(2), pp.285-294(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Ahmad, S., Gromiha, M.M., Sarai, A.: "Analysis and prediction of DNA-binding proteins and their binding residues based on composition, sequence and structural information", Bioinformatics, 20(4), pp.477-486(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Yabuki, Y., Mukai, Y., Swindells, M.B., Suwa, M.: "GENIUS II: a high-throughput database system for linking ORFs in complete genomes to known protein three-dimensional structures", Bioinformatics, 20(4), pp.596-598(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
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• Tomii, K., Akiyama, Y.: "FORTE: a profile-profile comparison tool for protein fold recognition", Bioinformatics, 20(4), pp.594-595(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Sarai, A., Selvaraj, S., Gromiha, M.M., Kono, H.: "Structure-function relationship in DNA sequence recognition by transcription factors", Proceedings of the second conference on Asia-Pacific bioinformatics, 26, pp.233-238(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Gromiha, M.M., Saraboji, K., Ahmad, S., Ponnuswamy, M.N., Suwa, M.: "Role of non-covalent interactions for determining the folding rate of two-state proteins", Biophysical Chemistry, 107(3), pp.263-272(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Folding mechanism of all-beta globular proteins", Preparative Biochemistry & Biotechnology, 34(1), pp.13-23(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Shimoji, T., Kanda, H., Kitagawa, T., Kadota, K., Asai, R., Takahashi, K., Kawaguchi, N., Matsumoto, S., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., Shinomiya, K.: "Clinico-molecular study of dedifferentiation in well-differentiated liposarcoma", Biochemical and Biophysical Research Communications, 314(4), pp.1133-1140(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Arita, M.: "The metabolic world of Escherichia coli is not small", PNAS, 101(6), pp.1543-1547(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
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• Tsuda, K., Uda, S., Kin, T., Asai, K.: "Minimizing the Cross Validation Error to Mix Kernel Matrices of Heterogeneous Biological Data", Neural Processing Letters, 19(1), pp.63-72(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Bava, K.A., Gromiha, M.M., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "ProTherm, version 4.0: Thermodynamic Database for Proteins and Mutants", Nucleic Acids Research, 32(Database issue), pp.D120-D121(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Santhosh, C., Suwa, M.: "Influence of cation-π interactions in protein-DNA complexes", Polymer, 45(2), pp.633-639(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
• Yamazaki, Y., Kitajima, M., Arita, M., Takayama, H., Sudo, H., Yamazaki, M., Aimi, N., Saito, K.: "Biosynthesis of camptothecin. In silico and in vivo tracer study from [1-13C]glucose", Plant Physiology, 134(1), pp.161-170(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Fukuda, K., Takagi, T.: "A Pathway Editor for Literature-based Knowledge Curation", Proceedings of the second conference on Asia-Pacific bioinformatics, 29 pp.339-344(2004). ■Free Full Text Paper(PDF) on the Journal Website.
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• Tsuda, K., Akaho, S., Kawanabe, M., Muller, K.R.: "Asymptotic properties of the Fisher kernel", Neural Computation, 16(1), pp.115-137(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Ota, T., et al. (incl. Yada, T. from CBRC): "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs", Nature Genetics, 36(1), pp.40-45(2004). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed

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