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• 誌上発表・査読有り：2006年

論　文（誌上発表・査読有り：2006年）

• Polouliakh, N., Natsume, T., Harada, H., Fujibuchi, W., Horton, P.,: "Comparative genomic analysis of transcription regulation elements involved in the human MAP-kinase G-protein coupling pathway", JOURNAL OF BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 4(2), pp.469-482(2006). ■PubMed
• Gromiha, M.M., Suwa, M., Ahmad, S.: "Structural Analysis, Discrimination Of & β-Barrel Membrane Proteins And Prediction Of Their Membrane Spnning Segments", Proc. 4th Asia Pacific Bioinformatics Conference, pp.44(2006).
• Gromiha, M.M., Suwa, M., Suresh, X.: "Analysis and understanding of membrane protein-ligand interactions using novel statistical parameters", Proc. 20th IUBMB Congress, pp.4P-B-086(2006).
• Gromiha, M.M., Suwa, M.: "Sequence and Structural Analysis of b-barrel Membrane Proteins: Applications to Discrimination", Proc. 20th IUBMB Congress, pp.4P-B-087(2006).
• Kameda, S., Takada, S.: "Secondary structure provides a template for the folding of nearby polypeptides", PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 103(47), pp.17765-17770(2006).
• Saigo, H., Kadowaki, T., Tsuda, K.: "A Linear Programming Approach for Molecular QSAR analysis", Proceedings of the International Workshop on Mining and Learning with Graphs 2006, pp.85-96(2006). ■Full Text Paper(PDF) on the Journal Website.
• 亀田 倫史: "Generalized Born エネルギーの妥当性：レプリカ交換分子動力学法によるサンプリング", 物性研究, 86, p1(2006).
• Tsuda, K., Kudo, T.: "Clustering graphs by weighted substructure mining", Proceedings of the 23rd International Conference on Machine Learning, pp.953-960(2006). ■Abstract on web the Journal site
• 廣明 秀一, 塩澤 久美子, 富井 健太郎: "ペルオキシソーム因子PEX1 ATPaseのN末端ドメインの立体構造が示したAAA ATPase間の進化的類縁関係", 生物物理, 46(3), pp.159-163(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)
• 亀田 倫史: "シミュレーションで探るアミロイドの世界", SEIBUTSU-KOGAKU KAISHI, 84(10), pp.407-409(2006).
• Ren, F., Tsubota, A., Hirokawa, T., Kumada, H., Yang, Z., Tanaka, H.: "A unique amino acid substitution, T126I, in human genotype C of hepatitis B virus S gene and its possible influence on antigenic structural change". GENE, 15(383), pp.43-51(2006).
• Oka, Y., Katada, S., Omura, M., Suwa, M., Yoshihara, Y., Touhara, K.: "Odorant receptor map in the mouse olfactory bulb: in vivo sensitivity and specificity of receptor-defined glomeruli". NEURON, 52(5), pp.857-869(2006).
• Aburatani, S.: "Serial Network Inference in Cell Cycle regulation on Yeast". Proceedings of the 10th World Multiconference on Systemics, Cybernetics and Informatics, 4, pp.1-6(2006). ■Full text paper(PDF)
• Kiryu H., Kin T., Asai K.: "Robust prediction of consensus secondary structures using averaged base pairing probability matrices". BIOINFORMATICS, 23(4), pp.434-441(2006).
• Horton, P., Kiseleva, L., Fujibuchi, W.: "RaPiDS: An Algorithm for Rapid Expression Profile Database Search", Genome Informatics, 17(2), pp.67-76(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
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• Tominaga, D., Horton, P.: "Inference of Scale-free Networks From Gene Expression Time Series", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(2), pp.503-514(2006). ■PubMed
• Huang, L.T., Gromiha, M.M., Hwang, S.F., Ho, S.Y.: "Knowledge acquisition and development of accurate rules for predicting protein stability changes", Computational Biology and Chemistry, 30(6), pp.408-415(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Singh, Y.H., Gromiha, M.M., Sarai, A., Ahmad, S.: "Atom-wise statistics and prediction of solvent accessibility in proteins", Biophysical Chemistry, 124(2), pp.145-154(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H.: "Improvement in accuracy of multiple sequence alignment using novel group-to-group sequence alignment algorithm with piecewise linear gap cost", BMC Bioinformatics, 7, 524, (2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
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• Gromiha, M.M., Thangakani, A.M., Selvara,j S.: "FOLD-RATE: prediction of protein folding rates from amino acid sequence", Nucleic Acids Research, 34(Web Server issue), pp.W70-W74(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Chakkaravarthi, S., Babu, M.M., Gromiha, M.M., Jayaraman, G., Sethumadhavan, R.: "Exploring the environmental preference of weak interactions in (alpha/beta)8 barrel proteins", Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 65(1), pp.75-86(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Suwa, M.: "Influence of amino acid properties for discriminating outer membrane proteins at better accuracy", Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins & Proteomics, 1764(9), pp.1493-1497(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Shimizu, K., Adachi, J., Muraoka, Y.: "ANGLE: a sequencing errors resistant program for predicting protein coding regions in unfinished cDNA", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(3), pp.649-664(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Hamada, M., Tsuda, K., Kudo, T., Kin, T., Asai, K.: "Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences", Bioinformatics, 22(20), pp.2480-2487(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Prabakaran, P., Siebers, J.G., Ahmad, S., Gromiha, M.M., Singarayan, M.G., Sarai, A.: "Classification of Protein-DNA Complexes Based on Structural Descriptors", Structure, 14(9) pp.1355-1367(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Fukui, K., Akiyama, Y.: "Fragmentation Studies of Peptide and Oligosaccharide using a Mid-IR Free Electron Laser", 日本レーザー医学会誌, 27(6), pp.92-97(2006).
• Fukui, K., Takada, Y., Sumiyoshi, T., Imai, T., Takahashi, K.: "Infrared Multiphoton Dissociation Spectroscopic Analysis of Peptides and Oligosaccharides by Using Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry with a Midinfrared Free-Electron Laser", Journal of Physical Chemistry B, 110(32), pp.16111-16116(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Kato, T., Fujibuchi, W., Asai, K.: "Learning Kernels from Distance Constraints ", 情報処理学会 論文誌（トランザクション） コンピュータビジョンとイメージメディア, 47(SIG10)(CVIM15), pp.1-11(2006).
• Tabei, Y., Tsuda, K., Kin, T., Asai, K.: "SCARNA: fast and accurate structural alignment of RNA sequences by matching fixed-length stem fragments", Bioinformatics, 22(14), pp.1723-1729(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Gromiha, M.M., Selvaraj, S., Thangakani A.M.: "A statistical method for predicting protein unfolding rates from amino acid sequence", Journal of Chemical Information and Modeling, 46 (3), pp.1503-1508(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Parthiban, V., Gromiha, M.M., Schomburg, D.: "CUPSAT: prediction of protein stability upon point mutations", Nucleic Acids Research, 34(Web Server issue), pp. W239-W24(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Nagasaki, H., Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., Gotoh, O.: "Automated classification of alternative splicing and transcriptional initiation and construction of visual database of classified patterns", Bioinformatics, 22(10), pp.1211-1216(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Gromiha, M.M., Suwa, M.: "Discrimination of outer membrane proteins using machine learning algorithms", Proteins-Structure Function and Bioinformatics, 63(4), pp.1031-1037(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Saraboji, K., Gromiha, M.M., Ponnuswamy, M.N.: "Average assignment method for predicting the stability of protein mutants", Biopolymers, 82(1), pp.80-92(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• 富井 健太郎: "プロファイル比較法FORTEを利用したタンパク質立体構造予測". 生物物理, 46(2), pp.106-110(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Tominaga, D., Horton, P.:"Optimization of S-system models for quantitative time-developing gene networks", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(2), pp.503-514(2006).
• Fukui, K., Kameyama, A., Mukai, Y., Takahashi, K., Ikeda, N., Akiyama, Y., Narimatsu, H.: "A computational study of structure-reactivity relationships in Na-adduct oligosaccharides in collision-induced dissociation reactions", Carbohydrate Research, 341(5), pp.624-633(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Muramatsu, T., Suwa, M.: "Statistical analysis and prediction of functional residues effective for GPCR-G-protein coupling selectivity", PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION, 19(6), pp.277-283(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
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• Suenaga, A., Okimoto, N., Futatsugi, N., Hirano, Y., Narumi, T., Ohno, Y., Yanai, R., Hirokawa, T., Ebisuzaki, T., Konagaya, A., Taiji, M.: "Structure and dynamics of RNA polymerase II elongation complex", Biochemical and Biophysical Research Communications, 343(1), pp.90-98(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• 富井 健太郎, 藤 博幸: "バイオデータベースの今:3．配列データベース検索の現在", 情報処理学会誌, 47(3), pp.227-232(2006).
• 福田 賢一郎, 五斗 進: "バイオデータベースの今:4. バイオ知識の形成と表現", 情報処理学会誌, 47(3), pp.233-240 (2006)
• Kato, T., Murata, Y., Miura, K., Asai, K., Horton, P.B., Tsuda, K., Fujibuchi, W.: "Network-based de-noising improves prediction from microarray data", BioMed Central Bioinformatics, 7(Suppl 1), pp.S1-4(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Chakkaravarthi, S., Gromiha, M.M.: "Analysis of cation-π interactions to the structural stability of RNA binding proteins", Polymer, 47(2), pp. 709-721(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。
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• Yamagaki, T., Fukui, K., Tachibana, K.: "Analysis of glycosyl bond cleavage and related isotope effects in collision-induced dissociation quadrupole-time-of-flight mass spectrometry of isomeric trehaloses", Analytical chemistry, 78(4), pp.1015-1022(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)/閲覧にはオンラインジャーナルの契約等が必要です。 ■PubMed
• Kushida, T., Takagi, T., Fukuda, K.: "Event Ontology: A Pathway-Centric Ontology for Biological Processes", Pacific Symposium on Biocomputing, 11, pp.152-163(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。
• Kumar, M.D., Gromiha, M.M.: "PINT: Protein-protein Interactions Thermodynamic Database", Nucleic Acids Research, 34(Database issue), pp.D195-D198(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
• Kumar, M.D., Bava, K.A., Gromiha, M.M., Prabakaran, P., Kitajima, K., Uedaira, H., Sarai, A.: "ProTherm and ProNIT: thermodynamic databases for proteins and protein-nucleic acid interactions", Nucleic Acids Research, 34(Database issue), pp.D204-D206(2006). ■ジャーナルサイトのFull Text Paper(PDF)／どなたでもご覧になれます。 ■PubMed
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