ゲノム情報研究センター[CBRC]

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論　文（口頭発表：2007年）

• 長野 希美: "多様な酵素の形と働き", 第45回日本生物物理学会年会・市民講演会, 横浜, 2007年12月23日.
• 大里 直樹: "完全長cDNA配列を用いたCis sense-antisense mRNAの探索と発現解析", 機能性核酸研究グループ, 東京, 2007年12月21日.
• 大里 直樹: "完全長cDNA配列を用いたCis sense-antisense mRNAの探索と発現解析", 機能性核酸研究グループ, 東京, 2007年12月21日.
• 亀田 倫史: "ＭＤによる構造転移の可視化", 日本生物物理学会, 横浜, 2007年12月21日.
• 塚本 弘毅, 福井 一彦, 蓬来 祐一郎, 横田 恭宣, 吉川 達也; "構造情報を用いたタンパク質相互作用解析〜タンパク質間ネットワーク予測と機能推定をめざして〜", CBRC2007, 東京, 2007年12月19日
• Fujibuchi, W., Okada, Y., Horton, P.: "Global and Local Similarity Searches of Gene Expression Data", JSBI2007, Tokyo, 19th Dec., 2007.
• Shimizu, K., Noguchi, T.: "Analysis of intrinsic protein disorder in human genome", JSBi2007, Tokyo, 19th Dec., 2007.
• Michael Gromiha: "Computational analysis on beta-barrel Membrane Protein Sequences and Structures: Genome-wide Applications", CBRC2007, Tokyo, 19th Dec., 2007.
• Sato, K., Asai, K., Sakakibara, Y.; "Profile-Profile Stem Kernels for Structural RNA Analysis", The 2007 Annual Conference of Japanese Society for Bioinformatics, Odaiba, Tokyo, 17th Dec. 2007.
• Okada, Y.,Fujibuchi, W.: "Mining a Large-scale Microarray Database for Similar Gene Expression Modules to Find Distant Relationships between Down Syndrome and Huntington's Disease", Critical Assessment of Microarray Data Analysis, Spain, 14th Dec., 2007.
• Sekijima, M.: "Application of HPC to the analysis of disease related protein and the design of novel proteins", Hardware and software for large-scale biological computing in the next decade, Okinawa, Japan, 13th Dec., 2007.
• Kaneiwa, K., Iwazume, M., Fukuda, K.: "An Upper Ontology for Event Classifications and Relations", Twentieth Australian Joint Conference on Artificial Intelligence - AI07, Queensland, Australia, 5th Dec., 2007.
• 長野 希美: "酵素触媒機構データベースEzCatDBの活用法　―　酵素蛋白質と化合物データ", 第280回CBI学会研究講演会, 東京, 2007年12月5日.
• 藤渕 航: "マイクロRNA(miRNA)基本知識と解析方法の実際", 講演会, 東京, 2007年12月1日.
• Michael Gromiha: "Stability of proteins and mutants: database development, analysis and prediction", Seminar at Tokyo University of pharmacological Sciences, Tokyo, 1st Nov., 2007.
• 広川 貴次: "標的タンパク質モデリングからのインシリコスクリーニング展開", 薬学の未来を考える京都シンポジウム, 京都, 2007年10月17日.
• Fukuda, K.: "INOH curation", BioPAX Workshop, Menlo Park, USA, 16th Oct., 2007.
• Gromiha, M.M.: "Bioinformatics on beta-barrel Membrane Proteins: Sequence and Structural Analysis, Discrimination and Prediction", International conference on Pattern Recognition in Bioinformatics, Singapore, 1st Oct., 2007.
• Gromiha, MM., Taguchi, M.: "Protein Fold Recongnition based upon the Amino Acid Occurrence", International conferece on Pattern recognition in Bioinformatics, Singapore, 1st Oct., 2007.
• 広川 貴次: "ドラッガブルゲノムから構造情報に基づくインシリコスクリーニングまで", Structure-based drug design 生物物理学的アプローチによるゲノム情報解析研究会, 名古屋, 2007年9月14日.
• 長野 希美: "酵素蛋白質の立体構造から酵素反応分類へ", 計算科学 夏の学校2007, 静岡, 2007年9月13日.
• Iwaya,N., Tomii, K., Hiroaki, S.; "Structure and function of the MIT-domain variant isolated from Katanin p60, a microtuble-severing enzyme", The Biology of Modular Protein Domains Seefeld in Tirol, Austria, 11th Seo. 2007.
• Fujibuchi, W.: "The Role of Bioinformatics in Single Cell Analysis", The Fifth International Forum on Post-genome Technologies Workshop, Suzhou, China, 10th Sep., 2007.
• 富井 健太郎: "Providing a 3-dimensional model of proteins in a high-throughput manner", 医薬基盤研究所, 大阪, 2007年9月7日.
• 塚本 弘毅; "NOｘの一つ一酸化窒素を変換する酵素チトクロームP450norの反応機構解析とその酵素機能の応用について", 神戸大学大学院人間発達環境学研究科自然環境論セミナー, 神戸, 2007年8月31日.
• 富井 健太郎: "タンパク質の立体構造の予測", 納涼、長浜バイオインフォ祭, 滋賀, 2007年8月30日.
• 藤渕 航: "遺伝子モジュールからの細胞の構造と機能予測", 熊本大学理学系セミナー, 熊本, 2007年8月30日.
• Nukada, A., Hourai, Y., Nishida, A., Akiyama, Y.: "High Performance 3D Convolution for Protein Docking on IBM Blue Gene ispa", Niagara, Canada, 29th Aug., 2007.
• 長野 希美: "酵素の構造と機能　− バイオインフォマティクスにおける酵素学の動向について", バイオインフォマティクス夏の学校, 群馬, 2007年8月8日.
• 富井 健太郎: "相同性検索技術の現状と課題", バイオインフォマティクス夏の学校2007, 群馬, 2007年8月7日.
• Horton Paul,　Larisa Kiseleva,　Raymond Wan; "Graphical Representation of Cell/tissue Type Relationships, MCCMB'07, Moscow, 30th Jul. 2007.
• Frith Martin; "The organization of transcription initiation in mammalian genomes", NIG visit, NIG, Mishima, 26th Jul. 2007.
• Kimura, S., Sekijima, M., Takata, M., Noguchi,T., Joe, K.: "ent of Molecular Dynamics Simulation based Flexible Docking System", 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA 2007), Las Vegas, Nevada, USA, 25th Jun., 2007.
• Nakazawa, M., Takata, M., Yokota, Y., Noguchi, T., Sekijima, M., Joe, K.: "Dvelopment of SVM based Prediction System for Metalbinding Sites in Protein", The 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications, Las Vegas, Nevada, USA, 25th Jun., 2007.
• Sasaki, M., Sekijima, M., Takata, M., Joe, K.: "Optimization of Molecular Dynamics Simulation on Cell Processor The 2007 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications", Las Vegas, Nevada, USA, 25th Jun., 2007.
• 福田 賢一郎: "バイオーオントロジーとパスウェイデータベースの標準化動向", 第6回 国際バイオEXPO＆国際バイオフォーラム, 東京, 2007年6月22日.
• 広川 貴次: "標的タンパク質構造に基づく創薬分子設計", 国際バイオEXPO, 東京, 2007年6月22日.
• 村田 博士, 小野田 崇, 山名 美智子: "腕金再利用自動判定システムの開発". 第21回人工知能学会全国大会, ワールドコンベンションセンターサミット, 宮崎, 2007年6月20日.
• 村田 博士, 山名 美智子, 小野田 崇: "計算機と人間との協調作業による事例データベース構築の省力化", 第21回人工知能学会全国大会, ワールドコンベンションセンターサミット, 宮崎, 2007年6月20日.
• 小野田 崇, 村田 博士, 山名 美智子: "計算機と人間との協調作業による事例データベース構築の省力化", 第21回人工知能学会全国大会, 宮崎, 2007年6月20日.
• 山名 美智子: "腕金再利用自動判定システムの開発", 第21回人工知能学会全国大会, 宮崎, 2007年6月20日.
• Tsuda, K.; "Entire Regularization Paths for Graph Data", International Conference on Machine Learning, Corvallis, OR, USA, 20th Jun. 2007.
• 関嶋 政和, 土井 淳, 野口 保, 清水 茂則, 秋山 泰: "大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発", 第9回バイオ情報学研究会, 沖縄, 2007年6月14日.
• 関嶋 政和, 土井 淳, 本田 真也, 野口 保, 清水 茂則, 秋山 泰: "大規模分子動力学シミュレーションによる自由エネルギー地形解析システムの開発", 第9回バイオ情報学研究会, 沖縄, 2007年6月14日.
• 藤渕 航: "網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発", 特定領域研究ライフサーベイヤ領域会議, 東京, 2007年6月4日.
• 廣瀬 修一, 黒田 裕, 金井 理, 野口 保: "タンパク質機能ドメインに対するdisorder領域の網羅的解析", 第七回日本蛋白質科学会年会, 仙台, 2007年5月26日.
• 亀田 倫史: "蛋白質シミュレーションにおける水分子モデルの影響", 日本蛋白質科学会, 仙台, 2007年5月26日.
• 福井 一彦; "実験とシミュレーションによる生体高分子の断片化解析", 成果報告会, つくば, 2007年4月25日.
• Tomii, K.: "Statistical Features of the Residue Environment in Proteins". RECOMB2007, Oakland, USA, 22th Apr., 2007.
• Hirokawa, T.: "CoLBA: a method for post-docking processing for drug discovery", Asian hub for e-drug discovery Symposium 2007, Shanghai, China, 17th Apr., 2007.
• Doi, A., Shimizu., K,Sekijima, M.: "High-Density Surface Reconstruction of Fine Arts and Documents for Complete Reproduction and Counterfeit Detection". 2007 IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control,LONDON. 16th Apr., 2007
• Doi, J., Shimizu, K., Sekijima, M.: "High-Density Surface Reconstruction of Fine Arts and Documents for Complete Reproduction and Counterfeit Detection", 2007 IEEE International Conference on Networking, Sensing and Control, London, UK, 16th Apr., 2007.
• Gromiha, M.M.: "Prediction of protein stability upon single mutations". 7th International conference on protein stabilization, University of Exeter, UK, 12th Apr., 2007.
• Michael Gromiha: "Prediction of protein stability upon single mutations", 7th International conference on protein stabilization, University of Exeter, UK, 12th Apr., 2007.
• Horton, P.: "Computational and Biological Insights from Database Mining of Human Microarray Data", Systems Biology and Bioinformatics Symposium SBBS07, Taipei, 29th Mar., 2007.
• Seeger, M., Steinke, F., Tsuda, K.; "Bayesian Inference and Optimal Design in the Sparse Linear Model", Artificial Intelligence and Statistics, Puerto Rico, 21st Mar. 2007.
• 福井 一彦: "波長可変レーザーによる断片化解析". 「糖鎖構造解析技術開発」プロジェクト 成果報告会, 東京, 2007年3月16日.
• Sekijima, M., Doi, A., Noguchi, T., Akiyama, Y., Shimizu, S.: "Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L", The IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Networks, Innsbruck, Austria, 15th Feb., 2007.