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  • 論文（口頭発表：2009年）

論　文（口頭発表：2009年）

  • 藤渕 航: "マイクロアレイ情報解析での諸問題の解決法−ノイズ、混合、大量蓄積データ", DNAチップ研究所セミナー, 横浜, 2009年12月24日
  • 藤渕 航; "生命情報工学の医学への応用：細胞特性予測と化学物質影響診断の最前線", 第９回重粒子医科学研究センターシンポジウム, 千葉, 2009年12月18日.
  • 藤渕 航; "標準プローブとマルチプレックス プライマーデザインの最新手法", バイオチップコンソーシアムセミナー, 東京, 2009年12月16日.
  • Gromiha, M.M.: "Structural stability of mutant proteins: applications to EF-Tu proteins ", Special seminar, USA, 15th Dec. 2009.
  • Pessiot Jean-Francois; "PeakRegressor identifies composite sequence motifs responsible for STAT1 binding sites", CBRC 2009, Tokyo, 4th Dec. 2009.
  • 清水 佳奈; "ヒトのタンパク質間相互作用におけるディスオーダーの機能解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月4日.
  • 福井 一彦、田代 俊行、矢葺 幸光、堀本 勝久、野口 保、浅井 潔: "情報統合基盤技術によるワークフロー解析", CBRC2009, CBRC, 2009年12月4日
  • 藤渕 航、岡田 吉史、Horton Paul: "CellMontage/SAMURAI2: Enhanced Gene Expression Similarity Search Tools", CBRC2009, CBRC, 2009年12月3日
  • 今井 賢一郎、藤田直也、Michael Gromiha、Horton Paul: "ミトコンドリアβ型外膜タンパク質プロテオーム解析", CBRC2009, CBRC,, 2009年12月3日
  • Chiba, H., Shiku, H., Akiyama, H., Nakagawa, S., Taniguchi, T., Fujibuchi, W.: "Designing pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs", Asia Pacific Biochemical Engineering Conference 2009(APBioChEC'09), Kobe, Japan, 26th Nov. 2009.
  • Nemoto, W., Fukui, K., Toh, H.: "Web services to investigate GPCR oligomerization",第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年11月1日
  • Goda, N., Shimizu, K., Kuwahara, Y., Noguchi, T., Ikegami, T., Ota, M., Hiroaki, H.: "A method for systematic assessment of intrinsically unstructured proteins and protein regions by NMR", 第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年10月31日
  • Suwa, M., Sugihara, M., Ono, Y: "GPCR立体構造情報とGタンパク質結合選択性の相関性", 日本生物物理学会第４７回年会, 徳島, 2009年10月31日
  • Fukui, K.: "Bilateral Bioinformatics Research in Protein Engineering: Modeling, Analysis and Simulation", 3rd Japan (AIST) ＆ India (DBT) Symposium on　Glycoscience, Bioinformatics & Cell Engineering, つくば, 27th Oct. 2009.
  • 根本 航、福井 一彦、藤 博幸: "Gタンパク質共役型受容体オリゴマー研究へのバイオインフォマティクスからのアプローチ -G-Protein Interaction Partners (GRIP)-", 日本生化学会, 神戸, 2009年10月24日
  • 廣瀬 修一、五島 直樹、河村 義史、横田 恭宣、小宮　和雄、堤　剛、諏訪　頼正、磯貝　隆雄、夏目 徹、野口 保: "大量発現系におけるタンパク質発現と可溶化に関連した要因を探る", 第82回日本生化学会年会, 神戸, 2009年10月22日
  • PessiotJ-F.K., Chiba, H., Hyakkoku, H., Taniguchi, T., Fujibuchi, W.: "PeakRegressor identifies composite sequence motifs responsible for STAT1 binding sites and their potential rSNPs", Critical Assessment of Massive Data Analysis, Chicago, IL, USA, 5th Oct. 2009
  • Asai, K.; "Rapid progress in sequence analyais of RNA", The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology, Zhangjiajeie, China, 20th Sep. 2009.
  • Michael Gromiha, Yokota, K., Fukui, K.; "Identification and analysis of binding site residues in protein-protein complexes", International conference on computational and systems biology, Amsterdam, 23th Sep. 2009.
  • Tomii, K.; "Structure Prediction for CASP and Other Targets Using FORTE", Asian Workshop for Protein Structure Prediction Methodology, Seoul, Korea, 19th Sep. 2009.
  • Nakatsui, M., Horimoto, K.; "Parameter Optimization in the network dynamics including unmeasured variables by the symbolic-numeric approach.", The Third International Symposium on Optimization and Systems Biology (OSB’09), Zhangjiajeie, China, 19th Sep. 2009.
  • Horimoto, K.; "“Network Screening” - Detection of Activated Pathways from the Data Measured in a Finite Condition.", Computational Systems Biology Workshop, Zhangjiajeie, China, 19th Sep. 2009.
  • 百石 弘澄, 杉原 稔, 諏訪 牧子, 加藤 毅, 山名早人, 藤渕 航; "2-way prediction法によるGPCRリガンドの結合予測", 情報処理学会 バイオ情報学研究会 (SIG BIO), 北海道, 2009年9月17日.
  • Fujibuchi, W., Chiba, H., Akiyama, H., Shiku, H.; "Designing Pyro-Primer Sequences Using a Simulated Annealing Algorithm, to Critically Target mRNAs in Quantitative Cell Analysis", The Sixth International Forum on Post-genome Technologies (IFPT’6), Beijing, China, 17th Sep. 2009.
  • Sato, K., Hamada, M., Mituyama, T., Asai, K., Sakakibara, Y.; "A non-parametric Bayesian approach for predicting RNA secondary structures", 9th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2009), Pennsylvania, USA, 12th Sep. 2009.
  • 堀本 勝久; "細胞内分子ネットワーク構造変化の追跡", 日本数理生物学会, 東京, 2009年9月11日.
  • Frith Martin; "Xeno-mapping DNA reads from extinct organisms: mapping meets alignment", BIRD Seminar, Nagano, 10th Sep. 2009.
  • 光山 統泰; "トランスポゾンフリーな領域の転写活性に関する考察", 第８回新しいRNA/RNPを見つける会, 神奈川県横浜市, 2009年9月8日.
  • Fukiui, K.; "The development of an affinity evaluation and prediction system　by using the protein-protein docking simulations", The 1st Trilateral Systems Biology Workshop (Trisys), Seoul, Korea, 13th Aug. 2009.
  • 中津井 雅彦, 堀本 勝久; "代数的アプローチと遺伝的アルゴリズムの組み合わせによる計測不能変数を含むネットワークのパラメータ最適化", 電気通信学会, 東京, 2009年8月6日.
  • 齊藤 秀, 堀本 勝久; "遺伝子発現プロファイルによるネットワーク構造評価", 電気通信学会, 東京, 2009年8月6日.
  • 亀田 倫史; "Gaussian Chainモデルによる、NMR構造決定における最適NOEペアリストの導出", 蛋白研セミナー, 大阪, 2009年7月30日.
  • 佐藤 健吾, 浜田 道昭, 浅井 潔, 光山 統泰; "CentroidFold: RNA 二次構造予測ウェブサーバー", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月29日.
  • 齋藤 都暁, 稲垣 幸, 光山 統泰, 小野 幸輝, 小谷 葉月, 迫田 絵理, 浅井 潔, 塩見 春彦, 塩見 美喜子; "新規mRNA由来piRNAの同定と大Maf因子traffic jamによるショウジョウバエPiwi の機能制御", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月28日.
  • Horton Paul, Larisa Kiseleva, Raymond Wan; "Introduction and application of CellExpress, a new database for studying human tissue specific gene expression", MCCMB'09, Moscow, 20th Jul. 2009.
  • Tomii, K.; "Providing three-dimensional models of proteins for in silico docking experiments", International Symposium on Multi-Scale Dynamics, The University of Tokyo, Japan. 14th Jul. 2009.
  • 浜田 道昭, 佐藤 健吾, 木立 尚孝, 光山 統泰, 浅井 潔; "CentroidAlign: Fast and Accurate Aligner for Structured　RNAs by Maximizing Expected Sum-of-pairs Score", ISMB/ECCB 2009, Stockholm, Sweden, 1st Jul. 2009.
  • Horton Paul; "Mitochondrial beta-barrel Outer Membrane Proteins, All Accounted For?", ISMB ECCB 2009, Stockholm, Sweden, 30th Jun. 2009.
  • Horton Paul; Mitochondrial β-barrel Outer Membrane Proteins, All Accounted For?", Westlake International Conference on Personalized Medicine, Hanzhou, China, 30th May 2009.
  • 清水 佳奈, 福井 一彦, 藤 博幸; "ヒトのタンパク質間相互作用ネットワークにおいてディスオーダー間の相互作用は頻繁に起きている", 第9回日本蛋白質科学会年会, 熊本, 2009年5月21日.
  • 亀田 倫史; "難溶物質・アミロイドの溶解シミュレーション", 蛋白質科学会, 熊本, 2009年5月20日.
  • 諏訪 牧子, 杉原 稔, 小野 幸輝, 藤渕 航; "配列解析から俯瞰するGPCRの構造情報 GPCR研究会", 東京：日本科学未来館, 2009年5月12日.
  • 杉原 稔、諏訪 牧子: "イカロドプシンとウシオプシンの分子動力学シミュレーション", ＧＰＣＲ研究会, 東京
  • Michael Gromiha; "Binding Specificity and Recognition Mechanism of Protein Complexes", Special seminar, Manonmanium Sundaranar University, Tirunelveli, India, 4th May 2009.
  • Kashima, H., Kato, T., Yamanishi, Y., Sugiyama, M., Tsuda, K.; "Link Propagation: A Fast Semi-supervised Learning Algorithm for Link Prediction", SIAM Data Mining Conference, Sparks, NV, USA, 1st May 2009.
  • Michael Gromiha; "Structure and Function of Proteins and their Complexes", Special seminar National Chemical Laboratory, Pune, India, 30th Apr. 2009.
  • Kashima H., Koyama S., Yamanishi Y., Tsuda K.; "On Pairwise Kernels: An Efficient Alternative and Generalization Analysis", 13th Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (PAKDD), Bangkok, Thailand, 27th Apr. 2009.
  • 野口 保, 清水 佳奈, 山田 真介, 井上直子, 廣瀬 修一; "(CASP8への挑戦（Disorder領域予測とドメイン予測）", 人工知能学会分子生物情報研究会, 北陸先端大学，石川県, 2009年3月27日.
  • 平山 和徳,　小林 誠一, 松本 隆, 広川 貴次; "標的タンパク質の動的構造を考慮したファーマコフォアモデルの構築と評価", 日本薬学会第129年会, 京都, 2009年3月26日.
  • Gromiha, M.M.; "Bioinformatics Approaches for Understanding the Structure and Function of Membrane Proteins", International conference on open source for computer aided drug discovery Chandigarh, India, 23rd Feb. 2009.
  • 広川 貴次; "創薬インフォマティクス講座を開催している経験から", 第294回CBI学会研究講演会, 東京大学, 2009年3月12日.
  • 大里 直樹, Martin Frith; "Human short DNA motifs overrepresented in conserved non-protein-coding sequences", JST-BIRD meeting, 東京大学　柏キャンパス, 2009年3月12日.
  • 根本 航; "相同配列と立体構造を利用したタンパク質機能部位予測", 九州大学グローバルCOE, 九州大学, 2009年2月27日.
  • 清水 佳奈; "タンパク質間相互作用ネットワークにおけるディスオーダーの解析", 第5回グローバルバイオインフォマティクスCOE技術習得コース, 第5回JSBi九州支部講演会, 九州大学, 2009年2月27日.
  • 富井 健太郎; "プロファイル比較によるタンパク質の類似度解析", 第5回グローバルCOEバイオインフォマティクス技術習得コース, 九州大学, 2009年2月26日.
  • Horimoto, K.; "Trace of network structure changes by two approaches. ", ASI Symposium on Bioinformatics and Data Mining, HongKong, China, 26th Feb. 2009.
  • Chiba, H., Nakagawa, S., Taniguchi, T., Akiyama, H., Fujibuchi, W.; "Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs", International Life Surveyor Symposium, Tokyo, 29th Jan. 2009.
  • 池田 和由, 広川 貴次, 肥後 順一,富井 健太郎; "主成分分析によるタンパク質断片構造空間の解析", 第8回産総研産技連LS-BT合同研究発表会, つくば, 2009年1月29日.
  • Michael Gromiha, MM., Yabuki, Y., Imai, K., Horton, P., Fukui, K.; "Database development and discrimination algorithms for membrane protein functions", International conference on computational and systems biology, Dubai, 28th Jan. 2009.
  • 清水 佳奈, 野口 保; "CASP8報告：ドメイン予測、及びディスオーダー領域予測におけるCBRCの取り組み, 第9回日本バイオインフォマティクス学会　創薬インフォマティクス研究会 「CASP8 タンパク質立体構造予測の最前線」, 東京, 2009年1月19日.
  • Paul Horton; "Mitochondrial β-Barrel Proteins, an Exclusive Club?", Bioinformatics seminar, 京都大学, 2009年1月19日.
  • 廣瀬 修一, 蝦名 鉄平; "機械学習アプローチによるドメイン予測への取り組み", 第9回バイオインフォマティクス学会創薬インフォマティクス研究会, 東京, 2009年1月19日.
  • 福井 一彦; "GRID環境を用いた高速タンパク質相互作用計算", 本格研究WS, つくば, 2009年1月14日.
  • Paul Horton; "Mitochondrial β-Barrel Proteins, an Exclusive Club?", Bioinformatics seminar, Taipei, Taiwan, 5th Jan. 2009.
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