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• 論文（ポスター発表：2003年）

論　文（ポスター発表：2003年）

• Nagasaki, H., Suwa, M., Goto, O.: "An algorithm for classification of alternative splicing and transcriptional initiation and its genome-wide application", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 16th Dec., 2003.
• Gromiha, M.M., Bava, A., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "Latest developments in ProTherm: Thermodynamic Database for Proteins and Mutants", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 16th Dec., 2003.
• Gromiha, M.M., Kumar, S., Prabakaran, P., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "Current Status of ProNIT: Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 16th Dec., 2003.
• Gromiha, M.M., Suwa, M., Ahmad, S.: "Bioinformatics Studies on Transmembrane Strand Proteins", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 16th Dec., 2003.
• Gromiha, M.M., Ahmad, S., Sarai, A., Kono, H., Bava, A., Kumar, S.: "Developing Genome-Scale Prediction System for Transcription Factors and Their Targets", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 16th Dec., 2003.
• Kato, T., Tsuda, K., Tomii, K., Asai, K.: "Maximum likelihood superposition of protein structures", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 15th Dec., 2003.
• Park, K.J., Akiyama, Y.: "PLOC: Prediction of Subcellular Location of Proteins", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 15th Dec., 2003.
• Yamamura, M., Gotoh, O.: "Detection of the Splicing Sites with Kernel Method Approaches Dealing with Nucleotide Doublets", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 14th Dec., 2003.
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• Fukuda, K.I.: "INOH: A Textual Knowledge based Pathway Database", GIW 2003 (The 14th International Conference on Genome Informatics), Tokyo, 14th Dec., 2003.
• 福田 賢一郎: "複合グラフとオントロジーによるシグナル伝達DBの開発", 第26回日本分子生物学会年会, 神戸, 2003年12月10日.
• 門田 幸二, 高橋 勝利: "計算機による新規組織特異的発現パターン検出法", 第26回日本分子生物学会年会, 神戸, 2003年12月10日.
• Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Inter-residue interactions, hydrophobic clusters and long-range contact networks in the folding and stability of (α/β)8 barrel proteins", Symposium on "New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach", Okinawa, 17th Oct., 2003.
• Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Influence of Residue-residue Contacts in Protein Folding", Symposium on "New Horizons in Molecular Sciences and Systems: An Integrated Approach", Okinawa, 17th Oct., 2003.
• 富永 大介: "遺伝子ネットワークの構造推定のための非線形最適化法". 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• Michael Gromiha: "Cation-p Interactions in Different Folding Types of Membrane Proteins", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コースシンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• 長野 希美: "配列・立体構造・機能に基づくTIMバレル・フォールドの系統的解", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
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• 藤渕 航: "マイクロアレイデータからの遺伝子発現相関の統計的有意性の推定", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• 村上 恵, 野口 保: "PDB代表タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)の改良", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪 牧子: "ゴルジ膜貫通領域に着目した糖転移酵素の判別", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• 矢葺 幸光, 向井 有理, 諏訪 牧子: "立体構造帰属データベースシステムGENIUS IIの開発", 第2回 産総研 生命情報科学人材養成コース シンポジウム「バイオインフォマティクス 未来への挑戦−お台場から世界に向けて−」, 東京, 2003年10月3日.
• Michael Gromiha, A. Bava, Hatsuho Uedaira, Kouji Kitajima, Akinori Sarai: "Developments in ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月25日.
• Michael Gromiha, Shandar Ahmad, Akinori Sarai: "Development of a fragment library for solvent accessibility prediction and comparison with neural network approach", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月24日.
• 関嶋 政和, 本野 千恵, 山崎 智, 金子 清俊, 秋山 泰: "Human Prion Protein (Hu PrP) monomerとdimerの分子動力学シミュレーションによる解析", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月24日.
• 広川 貴次, 竪田 明子, 諏訪 牧子, 東原 和成: "嗅覚受容体と匂い分子の結合モデリング", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月23日.
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• Michael Gromiha, S. Selvaraj: "Inter-residue interactions in protein structures: applications to protein folding and stability", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月23日.
• 富井 健太郎: "新規構造認識法FORTE1：その適用と限界", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月23日.
• Gromiha, M.M., Kumar, S., Prabakaran, P., Uedaira, H., Kitajima, K., Sarai, A.: "Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月23日.
• 矢葺 幸光, 向井 有理, 諏訪 牧子: "立体構造帰属データベース「GENIUS II」の開発", 第41回日本生物物理学会年会, 新潟, 2003年9月23日.
• Michael Gromiha, A. Bava, Hatsuho Uedaira, Kouji Kitajima, Akinori Sarai: "ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", CBI学会第4回大会（2003年大会）, 東京, 2003年9月19日.
• Michael Gromiha, Shaji Kumar, P. Prabakaran, Hatsuho Uedaira, Kouji Kitajima, Akinori Sarai: "Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions (ProNIT): Developments in 2003", CBI学会第4回大会（2003年大会）, 東京, 2003年9月19日.
• Michael Gromiha, Akinori Sarai, S. Selvaraj, Hidetoshi Kono: "Bioinformatic analysis of transcription factors", CBI学会第4回大会（2003年大会）, 東京, 2003年9月19日.
• Michael Gromiha, 諏訪 牧子: "Analysis of cation-pi interactions in membrane protein structures", CBI学会第4回大会（2003年大会）, 東京, 2003年9月19日.
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• 門田 幸二, 高橋 勝利: "Gene expression analysis using Akaike’s Information Criterion", CBI学会第4回大会（2003年大会）, 東京, 2003年9月18日.
• 旭井 亮一, 西村 信一郎, 高橋 勝利: "低分子認識人工核酸の取得とＢｉａｃｏｒｅを用いた解析", Biacore Symposium Japan 2003, 東京, 2003年9月14日.
• Sekijima, M., Motono, C., Yamazaki, S., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Molecular Dynamics Simulations of monomeric and dimeric Human Prion Protein (Hu PrP) at normal and elevated temperature", 17th Symposium of the Protein Society, Boston, MA, USA, 27th July, 2003.
• Motono, C., Sekijima, M., Yamazaki, S., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Differences in dynamics of dimeric and monomeric human prion protein revealed by molecular dynamics simulations", ISMB2003, Brisbane, Australia, 1st July, 2003.
• Fukuda, K.I.: "A Pathway DB: Annotating Signal Transduction Pathways with bio-processes using hierarchical multi-layered structures", ISMB2003, Brisbane, Australia, 30th June, 2003.
• Gromiha, M.M., Selvaraj, S.: "Role of long-range interactions in the transition and folded native states of two-state proteins", 11th International conference on Intelligence systems for molecular biology, Brisbane, Australia, 30th June, 2003.
• Asai, R., Nishimura, S.I., Takahashi, K.: "On-chip selection of DNA ligands with computational evolution", 5th Symposium of Advanced Genomics, Yokohama, 26th June, 2003.
• 本野 千恵, 望月 樹和, 宮川 博夫, 北島 一泰, 山岸 明彦: "分子動力学計算によるキモトリプシンインヒビター２の熱変性過程の解析", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2003年6月25日.
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• Michael Gromiha, Shaji Kumar, Hatsuho Uedaira, P. Prabakaran, Kouji Kitajima, Akinori Sarai: "Current status of ProNIT: thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2003年6月25日.
• Michael Gromiha, Kouji Kitajima, A. Bava, Akinori Sarai, Hatsuho Uedaira: "ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2003年6月25日.
• 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪 牧子: "ゴルジ膜貫通領域に着目した糖転移酵素判別手法の開発", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2002年6月25日.
• 矢葺 幸光, 向井 有理, 諏訪 牧子: "立体構造帰属データベースシステム「GENIUS II」の開発", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2002年6月25日.
• 関嶋 政和, 本野 千恵, 山崎 智, 金子 清俊, 秋山 泰: "計算機シミュレーションによるプリオンタンパク質 Human Prion Protein (Hu PrP)のモノマー形態とダイマー形態のdynamicsに関する研究", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2003年6月23日.
• Michael Gromiha, Shandar Ahmad, 諏訪 牧子: "Outer membrane protein structures: Development of amino acid properties and prediction of membrane spanning beta strands", 第3回日本蛋白質科学会年会, 札幌, 2003年6月23日.
• Nagano, N., Orengo, K., Thornton, J.: "One Fold with Many Functions - Overview of the (beta alpha)8 Barrel Superfamilies Based on the Sequences, Structures and Functions", The Fifth European Symposium of the Protein Society, Florence, Italy, 30th Mar., 2003.
• 水野 政彦, 諏訪 牧子: "ヒト遺伝子における選択的スプライス部位の高精度同定", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
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• 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 秋山 泰, 浅井 潔, 諏訪 牧子: "糖転移酵素タンパク質のゴルジ膜貫通領域判別手法の開発", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 矢葺 幸光, 向井 有理, 諏訪 牧子: "立体構造帰属データベースシステム GENIUS II の開発", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 富井 健太郎, 太田 元規, 野口 保, 秋山 泰: "1D-3Dプロファイル融合とthreading potentialによる鋳型構造スクリーニング", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 旭井 亮一, Arial Jomand, 源 利成, 高橋 勝利: "DNAメチル化検出のアレイへの応用", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 関嶋 政和, 高崎 慎也, 中村 周吾, 清水 謙多郎: "並列基盤環境の開発と生体分子シミュレーションへの応用", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 野口 保: "PDB代表タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)の改良", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 長崎 英樹, 諏訪 牧子, 後藤 修: "ヒト遺伝子の選択的スプライス部位の解析", 平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2003年2月24日.
• 富永 大介, 高橋 勝利: "生体内反応系のための確率的非線形実数最適化法", 進化的計算シンポジウム2002, 京都, 2003年1月7日.
• Tomii, K., Ota, M., Noguchi, T., Akiyama, Y.: "Construction of a fold recognition server PILOT based on PSI-BLAST, IMPALA and LIBRA-rotamer", Pacific Symposium on Biocomputing 2003, Kauai, Hawaii, USA, 5th Jan., 2003.