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  • 論文（ポスター発表：2009年）

論　文（ポスター発表：2009年）

  • Wan, R., Kielbasa, S.M., Horton, P., Frith, M.: "The Effect Read Length has on the Performance of Adaptive Seeds for Sequence Alignment", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009
  • Sakashita, Y., Ito, J.Asai, K., Tomii, K.: "Classification and Identification of Indiscernible Metal Binding Sites of Proteins", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009
  • Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton; "How (not) to align Genomes", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009.
  • Raymond Wan, Szymon M. Kielbasa, Paul Horton, Martin C. Frith.; "The Effect Read Length has on the Performance of Adaptive Seeds for Sequence Alignment", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009.
  • Ito, J., Higo, J., Tomii, K.; "Classification of Protein Fragments with a Graph Spectral Technique", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009.
  • Ito, J., Asai, K., Tomii, K.; "Classification and Identification of Indiscernible Metal Binding Sites of Proteins", The 20th International Conference on Genome Informatics, Yokohama, 14th Dec. 2009.
  • 油谷 幸代, 伊月亜有子: "Comparative Analysis of association between the Soil Enzyme Activities in the Kasuga-Yama Hill Primeval Forest", 第32回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月12日
  • 油谷 幸代: "Application of structural equation models to construct the transcriptional regulatory networks in S.cerevisiae", 第32回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月12日
  • 今井 賢一郎, Michael Gromiha、Horton Paul: "Sequence analytic survey of mitochondrial beta-barrel outer membrane proteins", 第32回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月12日
  • 芦田 広樹, 光山 統泰, 浅井 潔; "Expression Profiles in various stages of gametogenesis correlate with the alu distribution pattern in human genome", 第32回日本分子生物学会年会, 神奈川, 2009年12月11日.
  • 光山 統泰; A genome-wide detection of transposon-free regions (TFRs) and their associations to histone methylation enrichment sites", 第32回日本分子生物学会年会, 神奈川, 2009年12月10日.
  • 合田名都子, 清水 佳, 桑原 陽太, 天野剛志, 池上貴久, 太田元規, 廣明秀一: "PRESAT-vectorを用いた天然変性タンパク質配列の網羅的検証系の確立", 第32 回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月9日
  • 浜田 道昭, 佐藤 健吾, 木立 尚孝, 光山 統泰, 浅井 潔: "CentroidHomfold: 相同配列群の情報を利用したRNAの2次構造予測", 第32回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月9日
  • 光山 統泰, 山田 浩一郎, 服部 恵美, 沖田 弘明, 小野 幸輝, 寺井 悟朗, 吉澤 亜耶, 浅井 潔: "The functional RNA databases for finding novel RNA genes", 第32回日本分子生物学会年会, 横浜, 2009年12月9日
  • 田代 俊行, 矢葺 幸光, 福井 一彦, 野口 保, 浅井 潔; "ライフサイエンス統合DBプロジェクト　ワークフロー", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 田部井 靖生, 浅井 潔; "Non-coding RNAを発見するためのローカルマルチプルアライメント手法", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 有田 正規; "Wikiによる知識収集と整理　−生物学には何が必要か−", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 寺井 悟朗, 沖田 弘明, 吉澤 亜耶, 浅井 潔, 光山 統泰; "偽遺伝子の特徴を利用した遺伝子発見", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 木立 尚孝, 寺井 悟朗, 光山 統泰, 浅井 潔; "ProbPars: ゲノムの局所保存度の計算ソフトウェア", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 清水 佳奈, 藤 博幸; "ヒトのタンパク質間相互作用におけるディスオーダーの機能解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Toutai Mituyama; "A genome-Wide Detection of Transposon-Free Regions (TFRs) and Their Associations to Histone Mmethylation Enrichment Sites", CBRC 2009, Tokyo, 3rd.
  • 辻 淳子, ポール ホートン; "ヒトゲノムにおけるミトコンドリア様配列の解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Fu Szu-Chin, Paul Horton; "Sequence Analysis of Nuclear Export Signals", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • Naoya Fujita, Kenichiro Imai, M. Michael Gromiha, Paul Horton; "BOMBaRDS: Bacterial Outer Membrane β-barrel Protein Prediction", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • Edward Wijaya, Martin C. Frith, Yutaka Suzuki, Paul Horton; "Correcting Errors in Next Generation Sequencing Data", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • 今井 賢一郎, 藤田 直也, マイケル グロミハ, ポール ホートン; "ミトコンドリアβ型外膜タンパク質プロテオームの解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 油谷 幸代; "構造方程式モデリング（SEM）を用いた出芽酵母GAL遺伝子群の転写制御ネットワークの構築", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Martin C. Frith, Michiaki Hamada, Paul Horton; "How (not) to Align Genomes", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • Paul Horton1, Syzmon M. Kielbasa, Martin C. Frith; "DisLex: a Transformation for Discontiguous Suffix Array Construction", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • 亀田 倫史; "AAA+分子モーターの作用機序：Ppaddling Mechanismによるトランスロケーション", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Chie Motono, Takatsugu Hirokawa; "Virtual Screening Test Using MD Simulation and Concavity Shape Comparison", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 木村 将之, 池北 雅彦, 福井 一彦; "分子シミュレーションによるレクチンのシアル酸認識機構の解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 牛山 祥吾, 福井 一彦; "クラウドコンピューティングに向けた環境の構築", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 山崎 智, 福井 一彦; "2次構造予測結果を利用したRNAの3次構造予測手法の開発に向けて", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 野口 保, 廣瀬 修一; "タンパク質の動的構造に関する予測法の開発", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 廣瀬 修一, 横田 恭宣, 五島 直樹, 河村 義史, 野口 保; "タンパク質大量発現系で可溶性タンパク質を得るための技術開発", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 横田 恭宣, 福井 一彦; "多量体状態の違いによるタンパク質立体構造データセット抽出システムの開発", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 根本 航, 福井 一彦, 藤 博幸; "Gタンパク質共役型受容体オリゴマー研究へのバイオインフォマティクスからのアプローチ −G-Protein Interaction Partners (GRIP)−", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • M. Michael Gromiha, Kiyonobu Yokota, Kazuhiko Fukui; "Comparative Analysis of Binding Sites in Protein-RNA and Protein-Protein Complexes", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 諏訪 牧子, 杉原 稔, 小野 幸輝, 藤渕 航; "俯瞰的配列解析から予見するGタンパク質共役型受容体（GPCR）構造のバリエーション", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 金 大真, 藤渕 航, 茂櫛 薫, 田中 博; "化合物の毒性反応における活性化メカニズムの解析", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 幡野 晶子, Harry Amri Moesa, 谷口 丈晃, 永家 聖, 藤渕 航; "細胞の分化転換を含む網羅的ヒト細胞データベース「CELLPEDIA」の構築", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 中津井 雅彦, 堀本 勝久; "代数的アプローチと数値最適化手法との組み合わせによるパラメータ最適化の精度向上", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 森岡 涼子, 齊藤 秀, 堀本 勝久; "シグナル伝達パスウェイに対するネットワーク評価", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Daisuke Tominaga, Paul Horton, Katsuhisa Horimoto; "Periodicity Judgment Based on Bayesian Information Criterion and Discrete Fourier Transform", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 杉原 稔, 藤渕 航, 諏訪 牧子; "GPCRの機能に関連する構造特徴抽出の試み -ウシとイカのロドプシンの分子動力学計算-", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 百石 弘澄, 杉原 稔, 諏訪 牧子, 加藤 毅, 山名 早人, 藤渕 航; "2-way prediction法によるGPCRリガンドの結合予測", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 藤渕 航; "iPS細胞など新型幹細胞の個性を遺伝子発現データから探るCELLPEDIA/CellMontage/SAMURAI2システム", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • 千葉 啓和, 珠玖 仁, 秋山 英雄, 中川 草, 谷口 丈晃, 藤渕 航; "シミュレーテッドアニーリング法を用いたプライマー配列の設計―定量的細胞解析に向けて―", CBRC 2009, 東京, 2009年12月3日.
  • Jean-Francois Pessiot, Hiroto Hyakkoku, Hirokazu Chiba,Takeaki Taniguchi, Wataru Fujibuchi; "PeakRegressor identifies composite sequence motifs responsible for STAT1 binding sites", CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • Raymond Wan, Szymon M. Kielbasa, Paul Horton, Martin C. Frith.; "The Effect Read Length has on the Performance of Adaptive Seeds for Sequence Alignment, CBRC 2009, Tokyo, 3rd Dec. 2009.
  • 中条 裕子, Song Yixuan, 大澤 文, 酒谷 尚史, 長野 希美; "EzCatDB: Enzyme catalytic reaction database", CBRC2009, 東京・台場, 2009年12月3日.
  • 長野 希美, 酒谷 尚史; "酵素蛋白質の配列解析：ユビキタス酵素 vs 生物特異的酵素", CBRC2009, 東京・台場, 2009年12月3日.
  • 長野 希美, 加藤 毅; "酵素活性部位探索に対する機械学習の適用", イオインフォマティクス推進事業（BIRD）第5回成果報告会, 東京, 2009年11月17日.
  • 長尾 知生子、長野 希美、水口　賢司: "部分アミノ酸配列のクラスタリングによる酵素の機能予測Functional classification of enzymes by clustering of subsequences consisting of active sites and ligand interaction sites.", 第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年10月31日
  • 今井 賢一郎, Michael Gromiha, Horton Paul; "Search for Novel Mitochondrial beta-barrel Outer Membrane Proteins without beta-signal in Yeast Proteome", 第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年10月31日.
  • 廣瀬 修一, 横田 恭宣, 輪湖 博、猿渡 茂, 金井 理、野口 保: "アミノ酸配列からのタンパク質揺らぎ領域予測とタンパク質間相互作用への適用", 第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年10月30日
  • 本野 千恵, 広川 貴次; "Virtual screening to separate active ligands from decoys using MD simulation and concavity shape comparing", 第47回日本生物物理学会年会, 徳島, 2009年10月30日.
  • 杉原 稔, 諏訪 牧子: "イカロドプシンとウシロドプシンの分子動力学シミュレーション", 日本生物物理学会第４７回年会, 徳島, 2009年10月29日
  • Fukui, K., Kimura, M.: "Docking studies of Protein-Carbohydrate interaction", 3rd Japan (AIST) ＆ India (DBT) Symposium on　Glycoscience, Bioinformatics & Cell Engineering　, つくば, 2009年10月27日
  • 油谷 幸代, 伊月亜有子: "奈良春日山天然林における土壌酵素活性の比較解析", 日本生化学会, 神戸, 2009年10月24日
  • 根本 航, 福井 一彦, 藤 博幸: "Gタンパク質共役型受容体オリゴマー研究へのバイオインフォマティクスからのアプローチ-G-Protein Interaction Partners (GRIP)-", 日本生化学会, 神戸, 2009年10月24日
  • Wan Raymond; "Efficient Probabilistic Latent Semantic Analysis Through Parallelization", Fifth Asia Information Retrieval Symposium Sapporo, Hokkaido, Japan, 22th Oct. 2009.
  • Nemoto, W., Fukui, K., Toh, H.: "Web services to promote GPCRs peptide mimetics", The 238th ACS National Meeting, Washington D.C, 18th Aug. 2009
  • Fukui, K.: "The development of an affinity evaluation and prediction system by using protein-protein docking simulations and parameter tuning", the american chemical society, Washington D.C, 18th Aug. 2009
  • Fukui, K.: "Computationally and experimentally derived general rules for fragmentation of various glycosyl bonds in sodium adduct oligosaccharides", The 238th ACS National Meeting, Washington D.C., 18th Aug. 2009
  • Nemoto, W., Fukui, K., Tou, H.; "Web services to promote GPCRs peptide mimetics", The 238th ACS National Meeting, Washington D.C., USA, 18th Aug. 2009.
  • 上田 宏生, 櫻井 雅之, 川畑 瞳, 光山 統泰, 矢野 孝紀, 岡田 俊平, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫, 鈴木 勉; "ICE法と次世代シーケンサーを組み合わせたヒト成人脳由来RNA中に含まれるイノシン化部位の網羅的探索", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月28日.
  • 櫻井 雅之, 川畑 瞳, 矢野 孝紀, 岡田 俊平, 光山 統泰, 豊田 敦, 藤山 秋佐夫, 上田 宏生, 鈴木 勉; "ヒト転写産物におけるRNA エディティング部位探索と機能解析", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月28日.
  • 岡田 俊平, 櫻井 雅之, 矢野 孝紀, 川畑 瞳, 光山 統泰, 上田 宏生, 鈴木 勉; "A-to-I RNA Editing によるmiRNA 依存的翻訳制御の調節", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月27日.
  • 木立 尚孝, 光山 統泰, 浅井 潔; "RNA のアクセシビリティ計算ツールRaccess を用いた、ヒトゲノム上の潜在的なRNAの網羅的解析", 第11回RNAミーティング, 新潟, 2009年7月27日.
  • Nagao, C., Nagano,N., Mizuguchi,K.; "Analysis of active sties and ligand-binding sites for the prediction of detailed enzyme functions", the 23rd Annual Symposium of The Protein Society, Boston, USA, 27th Jul. 2009.
  • Shimizu, K., Fukui, K., Tou, H.; "Estimating the genome-wide preference of interaction between disordered proteins in a human protein-protein interaction network", ISMB/ECCB 2009, Stockholm, Sweden, 30th Jun. 2009.
  • Nemoto, W., Tou, H.; "A novel index to evaluate the appropriateness of a set of homologous sequences for functional region prediction", 17th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 8th European Conference on Computational Biology (ECCB), Stockholm,Sweden, 29th Jun. 2009.
  • Nemoto, W., Fukui, K., Tou, H.; "Bioinformatics for GPCRs Oligomerization", 3DSIG 2009: The 5th Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Stockholm, Sweden, 27th Jun. 2009.
  • 千葉 啓和, 幡野 晶子, 永家 聖, 山根木 康嗣, Larisa Kiseleva, 谷口丈晃, Horton Paul, 藤渕 航; "CELLPEDIA/CellMontage 細胞統合解析データベース", 文科省統合データベースプロジェクト「データベースが拓くこれからのライフサイエンス」, 東京大学本郷キャンパス浅野地区, 2009年6月12日.
  • 田代 俊行, 矢葺 幸光, 福井 一彦, 野口 保; "統合データベースプロジェクト ワークフロー", 統合データベースプロジェクト シンポジウム 2009, 東京, 2009年6月12日.
  • 富井 健太郎, 福地 佐斗志, 西川建; "ヒト全タンパク質の未知領域を対象とした構造予測", 第9回日本蛋白質科学会年会, 熊本, 2009年5月21日.
  • 本野 千恵, 中田 淳一, 富井 健太郎, 清水 佳奈, 野口 保; "高等生物由来タンパク質の構造予測パイプラインの開発とヒト22番染色体への適用", 第9回日本蛋白質科学会年会, 熊本, 2009年5月20日.
  • 廣瀬 修一, 横田 恭宣, 五島 直樹, 河村 義史, 夏目 徹, 小宮和男, 堤剛, 諏訪頼正, 磯貝隆雄, 野口 保; "大腸菌発現系におけるタンパク質発現・可溶化に関連している要因の解析", 第9回蛋白質科学会年会, 熊本, 2009年5月20日.
  • 福井 一彦; "質量分析計による糖鎖断片化メカニズムの経験及び計算則", 糖鎖産業技術フォーラム（GLIT）, 産総研臨海副都心センター, 東京, 2009年5月12日.
  • 根本 航, 福井 一彦, 藤 博幸; "Gタンパク質共役型受容体がオリゴマー化する際のインターフェイス予測プログラム", -G-Protein Interaction Partners (GRIP)-, GPCR研究会, 東京, 2009年5月9日.
  • 杉原 稔, 諏訪 牧子; "イカロドプシンとウシオプシンの分子動力学シミュレーション", 第6回GPCR研究会, 東京, 2009年5月9日.
  • Chiappa, S., Saigo, H., Tsuda, K.; "A Bayesian Approach to Graph Regression with Relevant Subgraph Selection", SIAM Conference on Data Mining, Sparks, NV, USA, 1st May 2009.
  • 今井 賢一郎, Michael Gromiha, Horton Paul; "βシグナルを用いた新規ミトコンドリアβバレル型外膜タンパク質の網羅的探索", 第8回産総研産技連LS-BT合同研究発表会, つくば, 2009年1月29日.
  • Chiba, H., Nakagawa, S., Taniguchi, T., Akiyama, H., Fujibuchi, W.; "Designing Pyro-primer Sequences for Exhaustive Quantitation of mRNAs", International Life Surveyor Symposium, Central Research Laboratory of Hitachi, Ltd., Tokyo, Japan, 29th Jan. 2009.
  • Horton Paul; "WoLF PSORT、蛋白質細胞内局在予測ツール", 第8回産総研産技連LS-BT合同研究発表会, つくば, 2009年1月29日.
  • 大里 直樹; "脊椎動物ゲノムのタンパク質非コード領域からのDNAモチーフ配列の探索", 第8回産総研産技連LS-BT合同研究発表会, つくば, 2009年1月29日.