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  • 論文（ポスター発表：2005年）

論　文（ポスター発表：2005年）

  • Nagano, N.: "酵素の触媒反応を観る", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Sakai, N., Kushida, T., Yamamoto, S., Hattori, E., Nakamura, H., Naknishi, Y., Yamagata, Y., Takagi, T., Fukuda, K.I.: "INOH: Pathways and Ontologies", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Nagasaki, H.: "Species-Specific Variation of Alternative Splicing and Transcriptional Initiation in Six Eukaryotes", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Polouliakh, N., Fujibuchi, W., Harada, H., Natsume, T., Horton, P.: "Comparative genomic analysis of transcription regulation elements in higher eukaryotes", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Harada, H., Polouliakh, N., Fujibuchi, W., Horton, P.: "Co-expression analysis tool for large gene expression datasets", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Tominaga, D., Horton, P.: "Non-arbitrary judgment for periodicity of time-series data by an information criterion and discrete Fourier transform", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Okada, Y., Sahara, T., Ougitani, S., Nagashima, T.: "Detection of Cluster Boundary in Microarray Data by Reference to MIPS Functional Catalogue Database", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • Hirose, S., Shimizu, K., Kanai, S., Noguchi, T.: "Prediction of Long Disorder Region Using Two-Step SVM", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
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  • Fujibuchi, W., Kiseleva, L., Horton, P.: "Searching for similar gene expression profiles across platforms", GIW 2005 (The 16th International Conference on Genome Informatics), Yokohama, 19th Dec., 2005.
  • 岩谷 奈央子, 合田 名都子, 富井 健太郎, 栃尾 豪人, 白川 昌宏, 廣明 秀一: "微小管分解を制御するKatanin p60 N末端ドメインの構造と機能の解析", 第28回日本分子生物学会年会, 福岡, 2005年12月8日.
  • 藤渕 航, Larisa Kiseleva: "遺伝子バーコードによるヒト、マウス細胞種機能特徴解析", 第28回日本分子生物学会年会, 福岡, 2005年12月8日.
  • 山本 智子, 櫛田 達矢, 酒井 紀子, 服部 恵美, 山縣 友紀, 中西 由紀子, 高木 利久, 福田 賢一郎: "INOHパスウェイデータベース", 第28回日本分子生物学会年会, 福岡, 2005年12月8日.
  • 富永 大介, Paul Horton: "情報量基準による遺伝子発現時系列の周期性判定法", 第28回日本分子生物学会年会, 福岡, 2005年12月7日.
  • 富井 健太郎, 広川 貴次, 太田 元規: "ロータマーを考慮した経験的ポテンシャルのタンパク質立体構造予測におけるモデル検証への適用", 第43回日本生物物理学会年会, 札幌, 2005年11月25日.
  • 本野 千恵: "Search for thermostabilizing factors of homologous cold shock proteins based on the amino acid sequences, 3D structures, and MD simulations", 第43回日本生物物理学会年会, 札幌, 2005年11月25日.
  • 池田 和由, 富井 健太郎, 広川 貴次, 肥後 順一: "タンパク質中のセグメントが造る構造空間の解析", 第43回日本生物物理学会年会, 札幌, 2005年11月24日.
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  • 福井 一彦: "自由電子レーザーを用いた糖鎖・糖ペプチドの赤外多光子励起実験", 第43回日本生物物理学会年会, 札幌, 2005年11月22日.
  • Nagano, N.: "Super-mechanisms and Super-reactions in Enzyme Reactions", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • Tominaga, D., Horton, P.: "Non-arbitrary judgment for periodicity of time-series data", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • Tomii, K.: "Improvements in the profile construction methods for profile-profile alignments", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • Fujibuchi, W., Horton, P., Kiseleva, L.: "Comparative analysis of human and mouse gene expression profiles for various normal cells", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • Yamada, S., Gotoh, O.: "PRIME: an implementation of a doubly nested randomized iterative refinement strategy with the piecewise linear gap cost", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • Nagasaki, H., Arita, M., Nishizawa, T., Suwa, M., Gotoh, O.: "Species-specific variation of alternative splicing and transcriptional initiation in six eukaryotes", CBRC2005/ISCBB2005, Tokyo, 27th/28th Oct., 2005.
  • 富永 大介, Horton Paul: "遺伝子発現時系列の周期性の有無についての自動判別法", JSBi第一回プロテイン・インフォマティクス in 九州, 福岡, 2005年10月9日.
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  • 富永 大介, Paul Horton: "遺伝子発現時系列の周期性の情報量基準による全自動判定", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 藤渕 航: "遺伝子発現プロファイルアライメント", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 長崎 英樹, 有田 正規, 西澤 達也, 諏訪 牧子, 後藤 修: "６真核生物種における選択的スプライシングと選択的転写開始点の種特異性", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 向井 有理, 広川 貴次, 富井 健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪 牧子: "GGtraP: 糖転移酵素ゴルジ膜貫通領域検出ツール", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 野口 保: "タンパク質構造変化部位データベース(ConfC)", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 清水 佳奈, 廣瀬 修一, 村岡 洋一, 野口 保: "N末領域・C末領域の再定義によるディスオーダー予測", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • Natalia Polouliakh, 夏目 徹, 原田 肇, 藤渕 航, Paul Horton: "Comparative genomic analysis of transcription regulation elements in higher eukaryotes with motif discovery tool "SHOE"", 産総研 生命情報科学人材養成コース最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 上野 恵介, 長野 希美: "酵素反応機構の分類法の開発", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
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  • 孫 富艶, 長野 希美: "酵素触媒機構データベースの開発", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 長野 希美, 長谷川 祐子, 中川 善一: "酵素反応におけるスーパーメカニズム及びスーパーリアクション", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 池田 修己, 向井 有理, 矢葺 幸光, 諏訪 牧子: "膜タンパク質配列―立体構造情報帰属システムの開発", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 富井 健太郎: "比較されるプロファイルに含まれる配列情報がタンパク質立体構造予測の精度に及ぼす影響", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 山田 真介, 後藤 修: "区分的線形ギャップコストを用いたマルチプルアラインメントアルゴリズムの開発", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 後藤 修, 森田 正雄, 市吉 伸行, 矢田 哲士: "ゲノム配列比較に基づくタンパク質遺伝子発見法の開発", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • Michael Gromiha: TMBETA-DISC: Web Based Discrimination of beta-barrel Membrane Proteins from Amino Acid Sequence ", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 本野 千恵: "アミノ酸配列・立体構造・フォールディング過程の比較による相同タンパク質分子の耐熱因子探索", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
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  • Michael Gromiha, Xavier Suresh, 諏訪 牧子: "Sequence and structural analysis of membrane protein-ligand complexes", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 原田 肇, Natalia Polouliakh, 藤渕 航, Paul Horton: "マイクロアレイプロファイルデータベースを用いた共発現遺伝子の探索ツール", 産総研 生命情報科学人材養成コース 最終シンポジウム「バイオインフォマティクス 人材養成5年の歩み」, 東京, 2005年9月22日.
  • 富永 大介, Paul Horton: ベイズ情報量基準による遺伝子発現時系列の周期性判定法", 第15回日本数理生物学会大会, 横浜, 2005年9月15日.
  • Kumondai, K., Fukui, K., Takahashi, K.: "Photodissociation study of protonated peptides in FTICR mass spectrometry", THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, Washington D.C., USA., 31st Aug., 2005.
  • Gromiha, M.M., Suresh, X., Suwa, M.: "Database and Analysis of binding site residues and ligands in membrane protein-ligand complexes", Chem-Bioinformatics in the Post Genomic Era, RIKEN Yokohama Institute, 24th Aug., 2005.
  • Gromiha, M.M., Suwa, M.: "Structural Analysis and Discrimination of Outer Membrane Proteins", Chem-Bioinformatics in the Post Genomic Era, RIKEN Yokohama Institute, 24th Aug., 2005.
  • Ikeda, K., Tomii, K., Hirokawa, T., Higo, J.: "Analysis of the Conformational Distribution of Protein Segments", The 19th Symposium of the Protein Society, Boston, MA, USA, 2nd Aug., 2005.
  • 加藤 毅, 藤渕 航, 浅井 潔: "Kernel Construction from Distance Constraints", MIRU05, 淡路夢舞台国際会議場, 2005年7月18日.
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  • Gromiha, M.M., Suresh X., Suwa, M.: "Analysis of binding site residues and ligands in membrane protein-ligand complexes ", FEBS-IUBMB conference, Budapest, Hungary, 5th July, 2005.
  • Gromiha, M.M., Ahmad, S., Suwa, M.: "Structural Analysis and Discrimination of Outer Membrane Proteins", FEBS-IUBMB conference, Budapest, Hungary, 3rd July, 2005.
  • 広川 貴次: "Class A Rhodopsin like GPCRのモデリング", 第5回日本蛋白質科学会年会, 福岡, 2005年7月2日.
  • A. Bava, Michael Gromiha, Kouji Kitajima, Akinori Sarai, Hatsuho Uedaira: "Latest developments in ProTherm: Thermodynamic database for proteins and mutants", 第5回日本蛋白質科学会年会, 福岡, 2005年7月2日.
  • Shaji Kumar, Michael Gromiha, P. Prabakaran, Hatsuho Uedaira, Akinori Sarai, Kouji Kitajima: "New version of ProNIT: Thermodynamic database for protein-nucleic acid interactions", 第5回日本蛋白質科学会年会, 福岡, 2005年7月2日.
  • Michael Gromiha, Shandar Ahmad, 諏訪 牧子: "Discrimination of Outer Membrane Proteins and Predicting their Membrane Spanning Segments", 第5回日本蛋白質科学会年会, 福岡, 2005年6月30日.
  • Kushida, T., Yamamoto, S., Asanuma, T., Hattori, E., Yamagata, Y., Takagi, T., Fukuda, K.I.: "Event Ontology:Biological ontology for annotating biological pathways and sub-pathways", ISMB2005, Detroit, MI, USA, 27th June, 2005.
  • Nagano, N.: "A novel classification of enzyme catalytic reactions: RLCP", VIth European Symposium of the Protein Society, Barcelona, Spain, 1st May, 2005.
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  • Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., Akiyama, Y.: "Conformational transition of Prion Protein from its cellular form to the fibril form investigated by molecular dynamics simulations", Biophysical Society 49th Annual Meeting, Long Beach, CA, USA, 13th Feb., 2005.
  • Kiseleva, L., Fujibuchi, W.: "A Large-scale Cell Network Enables Us to Understand the World of Cell Divergence", 50th NIBB Conference, Structure and Dynamics of Complex Biological Networks, Okazaki, Aichi, 9th Feb., 2005.
  • 富永 大介: "タンパク質発現時系列データからの遺伝子量の推定とモデリング", 平成16年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2005年2月3日.
  • Paul Horton, 朴 根準, 中井 謙太, 大林 武: "WoLF PSORT:蛋白質細胞内局在予測プログラム", 平成16年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2005年2月3日.
  • Michael Gromiha: "Database, analysis and discrimination of outer membrane proteins", 平成16年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2005年2月3日.
  • 藤渕 航, Paul Horton: "遺伝子発現プロファイルからの近縁細胞種検索システム Cell Montage の開発", 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2004年2月3日.
  • 藤渕 航, Paul Horton: "遺伝子発現シグニチャーによる類似細胞検索システム", 平成16年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2005年2月3日.
  • 野口 保: "PDB代表タンパク質チェイン決定システム(PDB-REPRDB)による膜タンパク質構造変化部位の抽出", 平成16年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジ−研究会　合同研究発表会・講演会, 産業技術総合研究所, つくば, 2005年2月3日.
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  • Saraboji, K., Gromiha, M.M., Ponnuswamym, M.N.: "Role of secondary structure and solvent accessibility to the stability of protein mutants. A case study on T4 lysozyme", 34th National seminar on crystallography, Guwahati, India, 11th Jan., 2005.
  • 広川 貴次: "Molecular modeling of the binding of ligands to G protein-coupled receptors using comparative ligand-binding analysis", Pacific Symposium on Biocomputing 2005, Hawaii, USA, 6th Jan., 2005.
  • 福田 賢一郎, 浅沼 孝夫, 櫛田 達矢, 山本 智子, 山縣 友紀, 関口 あずみ, 高木 利久: "INOH: Bio-ontologies and Pathways", Pacific Symposium on Biocomputing 2005, Hawaii, USA, 6th Jan., 2005.
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